反对派国亲联盟的候选人连战指称这次选举是"不公平的"，并要求重新清点所有选票。
陈水扁与五院（行政、立法、司法、监察、司法）院长茶叙时表示，他不反对立即清点所有选票。
台湾媒体报道说，陈水扁提出了两个解决方案：一是政治解决，朝野协商，让具有公信力的法官进行验票；第二是修法，现行总统副总统选罢法规定，只是法官检察官才可以验票，可修法让其他人也有权验票。
在3月20日举行的总统选举中，陈水扁以约2.9万的微弱大多数当选连任。不过，国亲联盟的候选人连战表示，他的支持者投诉多处票站出现了作弊情况，同时质疑为什么废票高达30多万张。
连战也要求就陈水扁在选举日前一天被枪击的事件进行独立调查。
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