反對派國親聯盟的候選人連戰指稱這次選舉是"不公平的"，並要求重新清點所有選票。
陳水扁與五院（行政、立法、司法、監察、司法）院長茶敘時表示，他不反對立即清點所有選票。
臺灣媒體報導說，陳水扁提出了兩個解決方案：一是政治解決，朝野協商，讓具有公信力的法官進行驗票；第二是修法，現行總統副總統選罷法規定，只是法官檢察官才可以驗票，可修法讓其他人也有權驗票。
在3月20日舉行的總統選舉中，陳水扁以約2.9萬的微弱大多數當選連任。不過，國親聯盟的候選人連戰表示，他的支持者投訴多處票站出現了作弊情況，同時質疑為什麼廢票高達30多萬張。
連戰也要求就陳水扁在選舉日前一天被槍擊的事件進行獨立調查。
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