据开放杂志报导，蒋彦永失去自由的五十天是被“军队系统的特工”关押在三O五医院一间房内。特工以延安整风的方式，对这位一同龄的医生进行“疲劳轰炸”，逼迫他说出“不该说的话”。这批审问者竟有多名“江核心”的前警卫人员，现已提升为上尉、少校。他们日以继夜分批轮番进攻，令蒋医生不得休息。
然而，这种中共特色的非人性的方法难得在蒋医生身上奏效，蒋反而向审讯他的人讲了许多道理和真实情况，奉劝他们应该以国家人民的利益为重，跟着少数当权者行不义，后果可怕。审讯者对这位德高望重的老医生说：“您说的这些，我们原先一点也不知道！”
蒋彦永于七月十九日被释放回家，但人身自由受到严重剥夺，个人活动范围仅限于从医院到住宅，禁止与外界接触，尤其不得接受采访。八月初，他的一位老同学背部患肿瘤住进三O一医院，要求蒋医生为他做手术，经院方向有关方面请示，获得批准。蒋医生成功完成手术。这是他获释后唯一的一次医疗活动。
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