賈慶林從政以來，頗遭人非議。其中有兩件事極其引人關註：
一，賈慶林與建國以來最大的走私案--廈門遠華走私案的關係。廈門遠華走私案正發生在賈慶林擔任省長、省委書記期間，據中紀委的大量舉報材料，賈慶林當時確實非常支持遠華集團的工作，多次赴遠華集團視察，並與主犯賴昌星有比較密切的關係，賈慶林的妻子、時任福建省外貿總公司總經理的林幼芳[註：林是馬來西亞歸僑，福建金門人。賈、林是河北化工學院電力系同學，1962年畢業後一起分配到一機部工作。後隨賈一起調閩]也認識賴昌星。遠華走私案爆發後，為確保賈慶林不涉及此案，江澤民多次親自過問案情審理過程。在外界紛紛質疑賈慶林的時候，江澤民親自到北京市考察工作，公開表示對賈慶林的支持，同時，讓賈慶林的妻子破例接受香港一家電視臺的專訪，撇清與賴昌星的關係。請設想，遠華案的規模遠在鄧斌案之上，但兩位地方領導人的命運卻迥然不同，江澤民以鄧斌案為藉口最終判處陳希同16年徒刑，賈慶林則絲毫不受遠華案的影響而受到調查。
二，賈慶林秘書車禍死亡案。賈慶林進京不到一年，從福建帶來的秘書剛剛被提拔為副司局級，就瞞著賈慶林偷偷地與原國家計委常務副主任房維中的秘書、還有一名公安部的處長一起，駕著機關的高級轎車到山西五臺山算卦，回來的路上車翻人亡。以至於星期一賈慶林上班找不著人，最終出動直升飛機在五臺山盤山公路的深溝裡發現了三位死者。不管怎樣，在這件事情上，賈慶林至少負有管教不嚴的責任。這個醜聞在北京市和中南海鬧得紛紛揚揚，算是出盡了賈慶林的霉頭。但因死亡的是賈慶林的秘書，間接涉及江澤民的威望，所以消息很快被嚴密封鎖，不准對外傳播。想當初，胡啟立的大秘書陳進玉丟了中南海的出入證，還要接受中南海的內部通報批評，而死了自己的秘書，則從未聽到賈慶林的檢討，甚至連自責的話都沒有。
1993年12月，賈慶林順利出任中共福建省委書記。4個月後，又以中共福建省委書記身份兼任福建省人大常委會主任。 1995年，鄧斌非法集資達32億元案被舉報，此案由江澤民、曾慶紅在幕後全面主導，由鄧斌案到王寶森自殺，再由王寶森自殺挖掘出陳希同，給了江澤民全面打擊北京市「獨立王國」的絕好機會。為了在嚴懲陳希同的同時，達到尊敬鄧小平、嚴懲陳希同、削弱李鵬、將北京這一「獨立王國」改造成親江的「嫡系部隊」的四方面目的。江澤民、曾慶紅多次向鄧家作出承諾，確保查處此案決不連累鄧家任何人，讓鄧家徹底放心。
1995年9月25日至28日，中共十四屆五中全會召開。在全會審議通過中央紀律檢查委員會《關於陳希同同志問題的審查報告》的同時，決定增補鄧小平的辦公室主任王瑞林為中央軍事委員會委員，兩件事情放在一起解決，就是向鄧家表示忠誠的一種信號。與此同時，曾慶紅建議江澤民穩妥地安插自己的親信進入北京，不搞一步到位。先由中紀委書記尉健行兼任中共北京市委書記，一年以後即1996年10月，將陳希同的搭擋、時任北京市市長的李其炎貶職為勞動部副部長，同時調賈慶林進京，任中共北京市委副書記，北京市代市長。1997年2月，賈慶林當選北京市市長。1997年8月，正式接替尉健行，任中共北京市委書記。一個月後，中共十五大召開。在中共十五屆一中全會上，賈慶林正式升任中共中央政治局委員。從陳希同到賈慶林，江澤民最終將北京這個「獨立王國」改造成了像上海一樣的「嫡系王國」。
(多維社)
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