一、立重典，動酷刑，對貪官污吏進行嚴厲打擊
朱元璋除了建立嚴密的官吏考核和監督制度外，特別重視利用重典打擊貪官污吏。明初，朱元璋出於休養生息的需要，頒行了量刑較輕的洪武七年律。不久，朝廷內的政治、經濟鬥爭日趨激化，相繼發生「空印案」、「胡黨案」和「郭桓案」；農民的反抗鬥爭也不時發生。朱元璋認為這是亂世重現，便決定實行重典政策。他下令對「姦頑刁詐、貪贓之徒」實行法外加刑。並親自彙集一批法外加刑的案例，加上一些峻令和自己的訓話，陸續編成並頒發《大誥》、《大誥續編》、《大誥三編》和《大誥武臣》。它是《大明律》的補充，也是「法外之法」。洪武二十年，朱元璋又下令修訂《大明律》，加重了對謀反，強盜、官吏犯贓等直接危害皇朝行為的懲處力度。洪武二十六年，藍玉黨案結束後，朱元璋感到自己的統治比較穩固，逐步減輕刑罰。二十九年，他接受皇太孫朱允汶的建議，修改「畸重者七十三條」。他對皇太孫說：「吾治亂世，刑不得不重，汝治平世，刑自當輕，所謂刑罰世輕世重也。」
朱元璋對貪官污吏懲處十分嚴厲。《大明律》規定：「受財枉法者，一貫以下杖七十，每五貫加一等，至八十貫絞；受財不枉法者，一貫以下杖六十，每五貫加一等，至一百二十貫杖一百，流三千里；監守自盜倉庫錢、糧、物，不分首從，並贓論罪，在右小臂上刺『盜官錢（糧、物）』三個字，一貫以下杖八十，至四十貫斬。」朱元璋對監察官員貪污受贓的處刑更重：凡風憲官吏受財及於所按治去處求索、借貸人財物，若賣買多取價利，乃受饋送之類，各加其餘官吏罪二等；並規定：「官吏宿娼，罪亞殺人一等，雖遇赦，終身弗敘。」
明初刑罰的殘酷程度，超過了以往的任何朝代。《唐律》已廢止了古代墨、劓、非、宮、大辟五刑，而代之以笞、杖、徒、流、死（斬、絞）五刑。《大明律》除規定以上後五種刑罰外，還動用了殘酷的凌遲、黥刺、挑膝蓋、剁指、刖足、非、劓、閹割、錫蛇游、刷洗、梟令、稱竿、抽腸、剝皮等酷刑，並經常使用連坐族誅之刑，誅連三族、九族。由於懲處過於嚴酷，從洪武元年到十九年，竟然沒有一位官員做到任期期滿的，往往未及終考就遭到貶黜或被殺頭。因殺官太多，以至有些地方衙門無人辦公，朱元璋不得不實行「戴死罪、徒流還職」的辦法，叫判刑後的犯罪官吏，帶著鐐銬回到公堂辦公。
二、加強教育，弘揚清正，倡導廉政
朱元璋登基不久就下令設專人，每天五更時在譙樓上吹起號角，高聲唱道：「為君難，為臣又難，難也難；創業難，守成更難，難也難；保家難，保身又難，難也難！」朱元璋為了嚴束功臣，特令工部製造申誡公侯鐵榜，對功臣各種不法行為逐項地規定處罰法律。洪武十八年前後，朱元璋將自己編寫的四本誥書印成冊，發給每位官員，讓他們學習，從中接受教育。洪武二十五年，朱元璋編寫《醒貪簡要錄》，親自在奉天門向百官宣讀，並頒布中外。每次誅殺重大貪污犯，朱元璋命令刑部將其罪行印發至各縣衙門，廣為張貼，還命令官員都到刑場觀斬，以受教育。
他經常表揚和越級提拔清介自持、忠勤不貪的官員，以樹立典型。陶後仲在福建任按察使時，治贓吏數十人，盡除宿弊，撫恤軍民，朱元璋下令表彰他。某官向河南按察司僉事王平行賄，王平將他抓起來送審。朱元璋得知後，嘉獎了他，提拔他任都察院左僉都御史。對於善始善終的循吏清官，朱元璋給予厚賞，並為他們修建府第；他們壽終時，親自寫祭文，以彰其德；還將廉吏、清官的事跡列入《彰善榜》和《聖政記》之中。正因為朱元璋倡廉懲貪，明朝初期湧現出一批像陶安、陶後仲、鄭士元、方克勤那樣的清官，使得明初的政治清明，一度深得民眾的擁護。
三、從嚴律己，罰不避親，正己以正百官
朱元璋抓反腐敗，首先從自身抓起。擊敗陳友諒後，其宮內有張鏤金床，有人勸朱元璋享用。朱元璋將鏤金床砸毀，說此床與昏君孟昶的七寶溺器一樣，用則喪志。他以陳友諒父子窮奢極欲終取敗亡為例，告戒臣僚：「既富豈可驕乎？既貴豈可侈乎？驕侈之心，雖富貴豈能保乎？處富貴者正當抑奢侈，弘儉約。戒嗜欲以饜眾心，猶恐不足以慰民心，況窮天下之技巧以取一己之奉乎？其致亡也宜矣。然此亦足以示戒，覆車之轍，不可蹈也。」立朝之後，朱元璋就宣布，宮中不再設女樂。他令儒士將古代無道昏君的劣跡編輯成書，供他閱讀，以便「知其喪亂之由，以為之戒耳。」每逢地方遇特大災害，朱元璋與皇家的人都吃一餐麥飯和野菜，以表與民同甘共苦。
朱元璋親自審訊處置了許多重大的貪污案件，不僅殺曾立過大功的貪官，就連自己的親屬也殺。朱元璋的親侄兒朱文正立有顯赫戰功，官拜大都督，在鎮守江西期間，貪聲色，驕侈荒淫，朱元璋先將其免職，後又將他殺掉。晉王因將出土文物佔為己有，大修別墅宮殿，大選美女以供娛樂，朱元璋將他逮到京城，要將他斬首，因皇太子跪泣求情而赦免。駙馬都尉歐陽倫收受賄賂，偷運私茶到邊境販賣，他的部下凌辱地方官吏。朱元璋得知後，下令將歐陽倫處死。但是，朱元璋在處置貪官污吏時，往往不遵守《大明律》的規定，受自己情感好惡影響，經常出現輕罪重判，無罪枉判的現象。有的案犯本應處死，但有人求情，正遇朱元璋心情較好，也就屈法從輕處置。
洪武一朝，是中國封建王朝對貪污賄賂打擊最激烈、殺戮貪官污吏最多的時期。朱元璋在懲治貪官污吏上，儘管存在著嚴重的偏差和慘痛的教訓。但是，也收到了較大的成效，起到了「整肅一代的作用。」在嚴刑酷法面前，大多數官員還是重足而立，不敢恣肆妄為。「郡縣之官雖居窮山絕塞之地，去京師萬餘里外，皆悚心震膽，如神明臨其庭，不敢少肆。或有毫髮出法度，悖禮儀，朝按而暮罪之」。經過長期的嚴酷鬥爭，一大批腐敗的官員遭到懲處和打擊，官場風氣逐漸發生變化，明初吏治日趨清明。《明史》的《循吏傳》說：「一時守令畏法。潔己愛民，以當上指，吏治渙然丕變矣。下逮仁、宣，撫循休息，民人安樂，吏治澄清者百餘年。」這種評價可能過高，但明初的吏治比起元末確是清明得多。著名清官海瑞說：「我太祖視民如傷，執《周書》『如保赤子』之義，毫髮侵漁者加慘刑。數十年民得安生樂業，千載一時之盛也。」
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