1998年，杨尚昆因一次感冒死在军队总医院。民间盛传，是被江泽民害死的。此前港媒曾披露，杨尚昆之子杨绍明九十年代被江泽民迫害成精神病，不得不住院治疗。赵紫阳在晚年时曾对杜导正透露，杨尚昆由于揣摩错了邓小平的意思，因此受到江泽民的报复。
1998秋，杨尚昆得了感冒，住进了完全被江泽民和曾庆红控制的解放军总医院。杨尚昆住院不长时间，98年9月14日凌晨1时17分，在医院突然去世。俗话说，要想人不知，除非己莫为。杨尚昆去世不久，民间盛传，杨是被害死的。后来杨的家人要求中央调查杨尚昆的死因。
2004年2月24日，因披露萨斯疫情而闻名的北京退休军医蒋彦永将一封要求平反“六四”的公开信，寄给中共中央、全国人大、国务院及全国政协的领导人。蒋彦永在信中写道，杨尚昆1998年亲口说，六四事件是中共历史上犯下的最严重的错误，但将来是一定会得到纠正的。
随后，中共下发文件，主要引用杨尚昆之子杨绍明否认其父杨尚昆与蒋彦永讲有关六四镇压的那番话。
港媒《开放》杂志2004年6月份透露，凡是有常识的人都不会相信杨绍明所讲是真的，因为杨尚昆之子杨绍明当时并不在场，更何况杨绍明九十年代被江泽民迫害成精神病，不得不住院治疗。高层几乎尽人皆知。最近杨绍明精神虽然恢复健康，不需住院治疗。但是又为住房困扰，苦闷要命，总参管理局好几年前就要求杨绍明从杨尚昆旧居搬出来，这件事很可能要逼得杨绍明再度住进精神病院。如果杨绍明真讲了他根本不知道的事情，那明显是进行了政治交易。
公开资料显示，杨尚昆之子杨绍明，1942年5月生，1966年毕业于北京大学历史系，曾任新华社摄影记者。历任中国人民对外友好协会理事、中国国际友谊促进会副会长，中华慈善总会名誉副会长等，现任宋庆龄基金会副主席。
罗宇：杨尚昆死后其子就疯了
去年3月10日，美国之音刊登对旅居美国的中共开国大将罗瑞卿之子罗宇的专题采访。专访中，美国之音记者提问：杨尚昆在六四问题上的态度外界传说很不一致，有的说他反对用强硬手段处理学潮，有的说他先反对后赞成，有的说他生前认识到六四是中共犯下的最严重错误，暗含着要平反的意思。当然这个消息是北京301医院军医蒋彦永透露出来的。你是怎么解读的？
罗宇回应称：杨尚昆老谋深算，我在听到这消息时我就立刻觉得杨尚昆是在考虑死了之后的事。杨尚昆的儿子跟我很熟，杨小二（杨绍明）在杨尚昆死后就疯了，经常进精神病医院。他为什么疯呢？杨尚昆为什么跟蒋彦永说这个话呢，就说明杨尚昆也认为六四这件事早晚要平反。……那么他为什么要跟蒋彦永说这个话？他为什么不跟他儿子说这个话呢？他为什么不录下一个音来呢？这个杨尚昆都考虑过的。
赵紫阳透露：杨失算江报复
曾任《炎黄春秋》杂志社社长杜导正，在赵紫阳任中共总书记时，任国家新闻出版总署署长。2010年1月17日，杜导正所著《赵紫阳还说过什么？——杜导正日记》在港台出版。书中作者披露了与赵紫阳三十多次私密谈话内容，其中有涉及杨尚昆、杨白冰兄弟失势内幕。
赵紫阳对“二杨”的问题称，邓小平南巡讲话及6月两次去首钢讲话，都说明邓对江泽民（时任中共总书记）、李鹏体制很不满。给人印象：邓要解决江、李体制。江、李那个时期惶惶不可终日，许多工作也停下不做了。
此时，杨尚昆、万里误以为邓（小平）下了换江（泽民）、李（鹏）的决心，便做出以杨尚昆为首组成中共中央顾问小组的决定，以代替邓过世后做“最高权威”。
“十四大”前，邓权衡诸多利弊因素最后下决心时，先倾向撤换江、李的主张改为江、李不动。
赵紫阳说，邓那时看来主要考虑两个大问题：一是他身后，改革开放能否继续，否则，会有人起来批判他，将他定为罪人；二是他身后是否有人会提出“六四”问题，而邓想得多的是“六四”问题。“六四”问题非同小可，中国的官员、知识分子绝不会淡忘，邓内心知道这个问题的分量。在“六四”问题上，李鹏不用说了，江在上海也是有账的，《世界经济导报》事件便是江搞的。邓以为，维持江、李体制，在邓身后，“六四”问题大家不能提出。
赵紫阳表示，既然做了这种估计，尚昆自然失算了。尚昆与江分歧由来已久，此次当然要下台了。当然，尚昆如过去对江尊重些，不至于处境如此悲惨。
据《江泽民其人》披露，97年2月邓小平去世后，92岁的杨尚昆身体并无大碍。他对江泽民在军队中乱提拔将军、收买人心、打击异己一直不满，时常在老干部聚会上数落、指责江泽民。
阿波罗网白梅报道
