孙中山与孙科（网络图片）
孙科虽流亡海外，但起初生活颇为优越。1950年寓居巴黎后，在养病之余，经常游历欧洲各国，先后去过西班牙、意大利等国，下榻之所则非高级宾馆不住，异国之绮丽风光、丰富的餐饮，似乎已洗去孙科多年从政的疲惫。
孙科在巴黎寓居两年后，决定转往美国。1952年7月，孙科夫人先行离开欧洲前往美国，孙科在12月下旬才启程。孙科夫妇住其长女孙穗英家，次年迁居加州洛杉矶西部圣塔莫利卡，在此地居住4年，后迁至洛杉矶南面临海的LagunaBeach。
大陆方面仍惦记着孙科。1956年3月，周恩来在北京会见英国人马坤，请与孙科有数十年私谊的马坤代向孙科致意，准备搞统战。周恩来说，我们不能让孙中山先生的儿子长期流亡外国，中国政府欢迎孙科返国。然而，此时的孙科深知中共的本性，他没有对周恩来的口信作出回应。孙科深居息影，俨然“闲云野鹤”，在南加州乡间闭门读书，只是生活颇为清苦。已无任何固定收入的孙科夫妇与次子孙治强一家共同生活，依靠子女的小额接济，省吃俭用，一切自己动手。其夫人陈淑英负责烹炊，孙科则收拾洗刷碗碟，洒扫房间。有资料说，一段时间内孙因经济窘迫只能吃番薯。然他每天到附近图书馆看书，家中也堆满了书籍，完全过着一种普通退休老人的困窘生活。这种情况一直持续到1965年。
赴台定居
1965年孙科已经75岁，自1949年退出政治，流亡海外也有16个年头。这一年孙科作出其晚年生活的一项重要选择：赴台定居。孙科曾在1948年冬春之间去过一次台湾。那一次他在台湾只住了两周就返回南京，而这一次到台湾却是一去不复返。
1965年前后，孙科已步入垂暮之年，多年蛰居海外，虽然清闲逍遥，但静极思动，加之在美国生活颇为艰苦，诸般杂事皆须自己动手，孙科已年迈体衰，感到在美国生活诸多不便，渐有归台之意。在台湾方面，自60年代初始，孙科的某些故旧也为孙科赴台多方活动。1962年“双十”节前夕，中山县籍“立委”刘崇龄向“行政院”提出质询，他说，“哲生先生功在国家，过去担任过国民政府副主席和行政院、立法院院长。最近孙先生于言词之间也怀念台湾的老朋友，同时也表露出有思乡之感”。刘崇龄要求当局主动邀请孙科返台。时“行政院”副院长王云五回答道，“政府非常欢迎哲生先生回国，而且在筹备中的第三次阳明山会谈，哲生先生也列入尽先邀请的名单”。在这以后，孙科的故旧、国民党元老梁寒操等粤籍要人积极活动，具体安排孙科赴台事宜。
经过台湾方面与孙科的接触，双方确定孙科以参加纪念国父诞辰100周年活动为由返台。1965年是孙中山诞辰100周年纪念（台湾方面根据中国传统以虚年而定），蒋介石有意隆重纪念。1964年由台湾出资的在美组织“中华文化教育基金会”推举孙科担任董事长，孙科前往华盛顿参加年会，来往机票及餐宿费用均由该会负责。从这时起，孙科与台湾官方机构建立起联系。孙科既有意返台，蒋介石也有心欢迎。1965年10月29日，孙科搭机从美返台，在台北松山机场受到蒋经国及2000余人的欢迎，场面之盛大令孙科不禁涕下。
孙科结束流亡生涯，投奔蒋介石统治下的台湾。孙科抵达台湾的第二天，在蒋经国陪同下，专程从台北乘专机前往高雄蒋介石的官邸拜谒。两人自1949年广州分手，16年后在台湾相逢，过往旧事已如昨日云烟，史载孙、蒋会面，相见甚欢，蒋介石设午餐招待孙科，饭后并邀同车到外面游览风景，蒋并亲送孙科回左营军校寓所。蒋介石并将自己曾住过的阳明山第一宾馆交孙科及其家属居住，该住所系日式平房，花木扶疏，清静幽雅，孙科在台一直居住于此。
孙科既蒙蒋介石礼邀，当投桃报李。一周后，孙科在台北举行的“华侨救国总会第三次代表大会”开幕典礼上发表返台后的第一次公开演讲，表态全力拥护蒋介石，声称要“在总统英明领导下，反攻大陆，消灭伪共，重新建立统一之中华民国。”
孙科返台后在重大场合表明了支持蒋介石的政治立场。1965年12月20日，蒋介石正式聘孙科为“总统府资政”，此职虽为闲职，但毕竟结束了孙科返台后一个多月的闲散人的身份。1966年9月1日，蒋介石正式提名孙科为“考试院”院长。从此，孙科又名列党国要人之列，只是“考试院”院长毕竟没有大陆时代的立法院院长那般风光，蒋介石以“考试院”院长这个半闲职慰劳孙科，对于年高76岁的孙科而言，已是心满意足了。
重返政坛
1966年10月30日为蒋介石寿辰，孙科特作文《总统对中国文化的贡献》，为蒋介石祝寿，颂扬蒋介石“继承国父的遗志，完成不竟的事业”，“以中国文化为基础，其事母孝，对国父忠，于国家民族则显露出其大智大仁大勇的德行”。以后凡蒋介石寿辰，孙科皆作文祝寿，若仅从其祝寿文观之。
1973年3月，孙科最后一次参加公开活动，为孙中山先生逝世纪念日及台湾植树节，孙科亲到台北中山公园，手植一株连翘树，此后即闭门静养。8月26日清晨，突感胸痛，呼吸困难，经医生诊断为急性心肌梗塞并发心脏衰竭，至9月13日，病逝于台北荣民总院，享年83岁。
