章太炎（网络图片）
1936年6月7日晚饭后，章太炎遵照医生的嘱咐，在夫人汤国梨的搀扶下，绕着住宅散步，不料突然昏倒，汤国梨连忙喊人抬到卧室，并派人立即到博习医院请主任医师、美国人苏迈尔诊治。在医生的抢救下，太炎先生尽管脱离了危险，但却躺在床上起不来了。6月13日，章太炎突发高烧，体温竟达40度。14日凌晨，从口中吐出鼻菌烂肉两块，病情已至弥留状态。
汤国梨、李根源（民国元老、同盟会员、章太炎国学讲习所的资助者）、苏迈尔医生围绕在病人周围。章太炎卧室门外的空地上，高高低低跪着国学讲习会的学员，他们每人手中举着一支点燃的香，低声啜泣着。
7点45分，卧室中传出汤国梨撕心裂肺的哭喊声。弟子们知道太炎先生走了，于是，低低的啜泣变成号啕大哭，悲声震天。
弥留之际，他断断续续吐出两句遗言：“设有异族入主中夏，世世子孙毋食其官禄。”遗言与其父如出一辙。
南京国民党政府得知章太炎病逝的消息后，于7月9日发布国葬令。在北京，章门弟子马裕藻、许寿裳、朱希祖、钱玄同、吴承仕、周作人、刘文典、沈兼士、马宗芗、黄子通等又单独举行了追悼会。他们曾发过这样一则《通启》：“先师章太炎发生不幸于本年六月十四日卒于江苏吴县，先生为革命元勋，国学泰斗，一旦辞世，薄海同悲。”
1937年11月，苏州沦陷，日军闯入章家后花园内，看到后园内一座新墓，没有墓碑，怀疑内埋财宝，一定要挖墓看个究竟。章氏留下的唯一一位老家人苦苦劝止，竟遭毒打。亏得有个日本军佐闻讯赶来，知道这新墓是章太炎的，便喝退了日军。过了几天，还亲自来祭奠了一番，并在墓旁立了一个木柱，上书“章太炎之墓”几个大字。从此以后再也没有日本兵来骚扰。
生前，章太炎曾两次为自己选择墓地。民初被袁世凯软禁时选择葬在“攘夷匡夏”的明朝刘伯温墓侧。1936年国难危重的时候，章太炎选择了死后葬于抗清英雄张苍水墓侧。太炎曾替《张苍水集》作跋，对张苍水推崇备至，有“余不得遭公，为执牧圉”之叹。紧依最敬慕的英雄之墓，章太炎大概也能笑慰九泉了。
世人评说：
陈独秀说章太炎为人非常小气，朋友向他借钱，偿还时付息，他竟受之而无愧色；是一个嗜钱如命的人。在陈独秀眼中，晚年的章太炎是“文人无行”的典型。
陈独秀认为：晚年的章太炎，后来给军阀官僚写墓志、寿序一类的东西，一篇文章要五千至一万银圆的润资，变得庸俗了。陈独秀说章太炎尽管对我国文史有很深的造诣，但有他可笑的偏见，即章太炎认为甲骨文是宋朝人的伪造。由此看出章太炎对于甲骨文和新兴学术的无知。
“中华民国”这个名称乃是章太炎首先提出建议的。
徐复观：看过他（章太炎）的《国故论衡》之类，总是在懂与不懂之间表示一种莫名其妙的敬佩。一九四四年，有一次和熊十力先生谈天，熊先生说章氏除了文章写得好，及懂一点小学外，并无学问。又听说熊先生在杭州时看到章氏谈佛学的文章，批上“尔放狗屁”四个大字，引起了我对熊先生的若干反感，觉得这是熊先生的自处过高。后来买到一部《章氏丛书》，从头到尾看了一遍，又觉得熊先生的话实在说得不错。有一次，我和牟宗三先生谈：“想不到章太炎先生对中国传统思想的了解，是如此的幼稚。”牟先生当时也很不以我的话为然。去年暑假中，牟先生从孙克宽处借了章氏的著作去看，之后对我说：“果然太幼稚了。”……因此，以章太炎先生为一标志，讲中国文化的人，早已经讲到绝路上去了。所以几十年来，对中国文化的赞成或反对，都是在一条黑巷子中混战。……指出章氏对中国文化之实无所知，因而他是一个极为有害的国学大师的偶像，这是完全正确而且值得提出来的。
历史学家侯外庐说:“章太炎对于中国学术文化遗产的论述十分丰富。他是古经文学派最后一位大师，同时又是儒家传统的拆散者。他的思想的发展变化及其矛盾的性格。”
吴佩孚论康有为、章太炎优劣：“皆我好友也。性格相似，而成就不同。南海年高，保皇之魁率；太炎年幼，才气纵横，非南海以下之空闲所能容，遂激越而入革命。使其易地而处，南海可为太炎，太炎亦可为南海。而良人逝后，中国不复有文学之士。两人弟子虽众，乃无足承其业者。”或又问其太炎弟子鲁迅如何，佩孚默然良久曰：“吾不读民国以后书。
辛亥革命的元老冯自由为章太炎书写挽联一首，对其革命功勋大加褒扬：大军已溃八公山，怜当局责重忧深，雪耻不忘王丞相。与子昔倡亡国会，叹此日人凋邦萃，伤心重作汉遗民。
昔日北洋军阀的大将陈宦也亲作挽联，寄往苏州，联曰：囊括大典，整齐百家，否岁值龙蛇，千载修明君比郑；人号三君，国推一老，抗颜承议论，世间北海亦知刘。（上联称赞章之学问堪与东汉末年的大儒郑玄相媲美，下联则认为章之铮铮铁骨丝毫不让三国时直言犯曹的北海太守孔融。）
章门众弟子中，属钱玄同的一幅挽联写得最为精彩：缵苍水宁人太冲薑斋之遗绪而革命，蛮夷戎狄矢志攘除，遭名捕七回，拘幽三载，卒能驱逐客帝，光复中华，国人云亡，是诚宜勒石纪勋，铸铜立像；萃庄生荀卿子长叔重之道术于一身，文史儒玄，殚心研究，凡著书廿种，讲学卅年，期欲拥护民彝，发扬族性，昊天不吊，痛从此微言遽绝，大义莫闻。
