击毙本拉登的行动造成了美国和巴基斯坦之间的关系紧张，但这可能只是暂时的。更值得关注的是，在内政方面，巴基斯坦军方的影响在减弱。
本拉登被击毙给美巴关系带来了一场深刻的危机。但更为巨大的是该事件对巴基斯坦内政造成的影响。巴基斯坦军情部门多年来称本拉登不在该国际境内，但事实证明正相反。这使有关官员大丢面子。此外伊斯兰堡的文职政府不得不看到，无所不能的军情部门，或至少其领导层的一部份对本拉登的下落是知情的。
巴基斯坦前司法部长哈伊德（IqbalHaider）认为：“毫无疑问，本拉登就隐藏在巴基斯坦，而且这个国家的至少一部份政治精英在保护极端分子。没有这种庇护本拉登不可能生存下来。”
华盛顿在对本拉登采取行动之前对巴基斯坦总统扎尔达里和军方都没有透露风声，这对于伊斯兰堡政府来说是个奇耻大辱，也第一次让人们对军方产生怀疑，巴基斯坦军队被认为是该国唯一运作有效的机构。
自由派发声
卡拉奇的政治研究学者托希德（OwaisTohid）认为，本拉登被击毙和该事件造成的美巴关系危机使得巴基斯坦的内部政治发生了微妙的变化。“在巴基斯坦找到本拉登使得美国有可能向伊斯兰堡施加压力，巴政府对待极端分子的政策也受到指责，这在此前还没有过。”
虽然自由派政治家在巴基斯坦还是少数，但他们发出了自己的声音。属于自由派的哈伊德说：“我们拒绝宗教狂热分子，但这些人在高层有支持者。在穆沙拉夫治下结成党派联盟的极端力量现在又组成了'保卫巴基斯坦理事会'。他们得到阿拉伯国家的资助，有数十亿卢比的资金。这些势力支持塔利班，他们不谴责自杀式袭击。”
去年１１月，由于“沟通失误”，２４名巴基斯坦士兵在靠近阿富汗边境的地区被美军打死。这使两国关系再次跌入低谷。托希德指出：“这对美巴关系的损害比本拉登事件更严重。”巴基斯坦政府因此抵制了在波恩举行的援助阿富汗国际会议，并对北约运输车队关闭了通往阿富汗的边境通道。
不同一般的议会辩论
但巴基斯坦和美国仍然相互依赖对方。巴基斯坦需要美国在民事和军事上的资金援助，美国为了打击塔利班、稳定阿富汗局势以实现有序撤军，也需要巴基斯坦的合作。
巴基斯坦外长希娜
但巴基斯坦的内政已发生了一些根本的变化。外交部长希娜（Hina Rabbani Khar）不久前表示，美巴关系危机削弱了传统上军队对巴基斯坦外交和安全政策的影响。她举出了巴基斯坦与印度的关系得到改善，以及巴基斯坦议会就巴美关系讨论的例子。后者是个新现象，此前巴美双边关系这个议题是军方把持的。
议员们讨论的结果是，如果美国停止使用无人驾驶机轰炸巴境内目标，并为误袭巴基斯坦士兵道歉，就可以重新为北约补给运输开放通道。这或许只是一厢情愿，但议会就此讨论，以及外长公开谈论这一事实，就表明自从本拉登被消灭以来，巴基斯坦的许多方面在发生变化。
