新任阁揆吴敦义也在记者会上表示，这是一个艰钜的时刻与任务，他会全力以赴。他也认同总统所说的新的内阁是一个行动内阁，期盼在未来，全面提升执行力，克服天灾留下的困难以及环境的严厉考验。
澄清刘下 并无外传阴谋
88月灾过后一个月，前院长刘兆玄率内阁总辞，马英九在两日内宣布正副新任阁揆吴敦义和朱立伦，并迅速重组内阁，换血幅度大，外界批评是否对刘不礼貌，甚至有政治阴谋。
马英九特别于记者会澄清疑虑。他表示，他和刘兆玄之间一直有很好的沟通，刘在8月中请辞，他认为不是好时机，应首先完成灾区重建工作，两人对九月初讨论内阁改组有共识。马英九强调，对于刘的请辞，他感到相当不舍，对他一肩扛起政治责任的胸怀，深感敬佩。
至于新任阁揆定案的过程，马英九认为，并非如外界所说的不愉快或不礼貌，9月3日即告知刘未来阁揆的人选，4日接见吴敦义，5日接见朱立伦，7日刘兆玄亲自召开记者会宣布辞职，整个内阁于9日晚间定案。
马英九肯定刘兆玄在内阁重组中无私地顾全大局。他表示，当初组阁时，部分阁员就是因着刘院长的面子接任，这次刘院长请辞，阁员们说要同进退，刘院长还一一打电话说要顾全大局，帮助新任吴院长在困难的时刻，渡过难关。
肯定吴上 政治经历丰厚
马英九同时说明，选择吴敦义和朱立伦担任阁揆的原因。他强调，吴敦义是他的"前辈"，是全国政治人物中，少见的同时具有北中南的县市首长及立法委员政治资历，对政治问题有精准的掌握，由吴组阁将对行政立法的运作有一番新气象。
至于，朱立伦是他认为新一代中，真正能发挥执行力与创意的政治人物，担任过立委及八年桃园县长，可以到中央来进一步历练，尤其，他具有财政背景，在立法院期间人缘很好，跟很多立委相处融洽，是辅佐吴敦义的人才。
新内阁面对五大挑战
马英九主动提及，这次内阁改组幅度很大，但并未如外界所说的是"选举内阁"，而是定位在"行动内阁"，改组的幅度包含行政院三长、五部、六会，共十四位正副首长异动。他希望重组的行动内阁着重执行力、竞争力与软实力，在吴揆的带领下，诚诚恳恳踏实做事，把人民放在心中，人民就会把政府放在心中。
马英九认为，新任内阁主要面对的挑战，包含灾区重建、加强灾防体系、治山防洪工作、拼经济、H1N1防疫工作，同时要在18日立法院开议时，面对相关法案及总预算的审查。
在众多挑战中，马英九特别强调灾防体系的建立，他认为这也是原研考会主委江宜桦愿意转任内政部长，留下来继续打拼的主要原因。
至于媒体关注两岸在ECFA和MOU的签订时程，吴敦义表示，两岸关系不会因为求快而快，每一步都会寻求稳健。未来两岸协议的签署会符合国家需要、民意支持、国会监督三个原则下进行。
