民航局说，以九十五年度各民用航空站收支情形分析，各航空站总收入为新台币一百五十七亿元，支出七十六亿元，剩余八十一亿元，整体来说仍有赚钱，但实际上，只有桃园及高雄航空站有赚钱，其他都是亏损。
机场不赚钱主要与运量不足有关，除了桃园及高雄两座国际机场外，本岛机场都因陆运交通便利性提升而受影响，包括南北已有两条高速公路，且十二条东西向快速道路陆续完工，与高速公路形完整路网，同时，北宜高速公路也缩短东西间的交通时间，加上高速铁路通车，陆上运输可说年年加分。
反观本岛航空运量近几年持续递减，根据民航局统计，2001年至2007年，国内航线飞航班次平均每年减少百分之七点七，2007年一月五日高铁通车，2007年前十个月，国内航线旅客量比2006年同期大幅衰退百分之二十五点三。
花东航线原本有观光诱因，但因北宜高通车，台铁引进倾斜式列车，花东航线营运也大不如前，2007年前十个月比2006年同，分别下滑二成四及一成五。
民航局检讨国内航空站未来营运走向，认为应区隔航空与其他陆路运输市场，例如台中、金门、花莲及松山等机场可飞国际包机的优势，扩展国际包机业务，创造与陆路运输不同的供给。
去年，立荣航空及远东航空纷纷推出台中飞日本、香港及越南的国际包机，华信航空也在金门推出飞北海道国际包机，去年前三季旅客进出量都比前一年增加一万人次以上。
至于东部及离岛机场，例如花莲、台东及马公，民航局认为，应结合当地丰富观光资源，与地方政府、业者合作套装旅游，创造需求。
有关部分使用频率不高的机场，例如屏东机场、恒春机场，民航局拟引进能活化机场功能的活动，例如，利用机场场地举办航空展、航空园游会、飞安宣导等，提高机场使用率并激发民众参与航空的兴趣，创造另类收入来源。
另外，对于须负担照顾居民交通需求及紧急医疗的的离岛机场，民航局考虑将航空站交由经营离岛偏远航线航空公司的可行性，目前，初步接洽飞航七美、望安、绿岛、兰屿的德安航空，而业者认为，仍须由政府提供补助才可行。
