“三一八惨案”发生后，中国知识分子和媒体表现出前所未有的社会良知，用同仇敌忾来形容，一点也不过分。周作人、林语堂、朱自清、蒋梦麟、王世杰、闻一多、梁启超（刚刚动过手术、正在住院）、许士廉、高一涵、杨振声、凌叔华等著名知识分子纷纷谴责段祺瑞政府；刘半农作词、赵元任谱曲的哀歌唱遍京城；鲁迅先生更是激愤不已，为此而终止正常创作，就此惨案连续写了七篇檄文，名垂青史的悼文《纪念刘和珍君》便是其中之一。
当时，诸多媒体加入谴责屠杀暴行的行列，如《语丝》、《国民新报》、《世界日报》、《清华周刊》、《晨报》、《现代评论》等。特别是邵飘萍主持的《京报》，大篇幅地连续发表消息和评论，广泛而深入地报导“三一八惨案”真相，在惨案发生后的12天内，就连续发表了113篇有关“三一八惨案”的消息、评论、通电，《京报副刊》也发表了有关文章103篇。
惨案发生后，北京各高校和大学校长、教授也纷纷谴责段祺瑞政府的暴行。时任北大校长的傅斯年在昆明见到对惨案负有直接责任的鹿钟麟。傅斯年第一句话就是：“从前我们是朋友，可是现在我们是仇敌。学生就像我的孩子，你杀害了他们，我还能沉默吗？”
1926 年3月3日，北京各界人士、各社会团体、各学校学生齐聚北京大学大操场，为亡灵们举行万人公祭大会。北大代校长的蒋梦麟在会上沉痛地说：“我任校长，使人家子弟，社会国家之人材，同学之朋友，如此牺牲，而又无法避免与挽救，此心诚不知如何悲痛。”他说到这里竟潸然涕下，引得“全场学生相向而泣，门外皆闻哭声”。
对于一个政府来说，一旦向徒手的青年学生与平民百姓开了枪，不仅践踏了为政之德的最低底线，也越过了维护社会秩序的法治界限。正如周作人在《为三月十八日国务院残杀事件忠告国民军书》中所言：屠杀学生和平民的政府，“同情、信用与期望之损失是无可估量，也无法挽救的”。
强大的民意压力也启动了半死的国会和司法机构。曾被讥为“花瓶”的国会破天荒地召集非常会议，通过了屠杀首犯“应听候国民处分”的决议；京师地方检察厅对惨案进行了调查取证并正式认定：“此次集会请愿宗旨尚属正当，又无不正侵害之行为，而卫队官兵遽行枪毙死伤多人，实有触犯刑律第311条之重大嫌疑。” 迫使段祺瑞颁布“抚恤令”。
尽管如此，也没有最终保住民心尽失的军阀政权。在屠杀发生后不到1个月，1926年4月，段祺瑞执政府就在遍布全国上下的抗议声中倒台－－执政府的国务院总辞职。而国民党北伐之所以迅速成功，除了军事上获得苏联的大量支持之外，国民党相对于军阀政权在政治道义的优势，也是其取胜的重要原因之一。可以说，段祺瑞军阀政权的合法性资源，已经因“三一八惨案”而丧失殆尽。
当年的北洋政府是军阀政权，段祺瑞本人也是著名军阀，其执政时期的政治混乱颇受诟病。然而，执政段祺瑞在知道政府卫队打死徒手请愿的学生之后，随即赶到现场，面对死者长跪不起，之后又处罚了凶手，并从此终生食素，以示忏悔。
中共的头子们比段祺瑞差远了！
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