作为落实胡锦涛讲话和中央会议的措施之一，中共教育部对大学校园的BBS大开杀戒，一下子整肃了南大小百合ＢＢＳ、水木清华ＢＢＳ、北大未名ＢＢＳ、西安交大兵马俑BBS、浙大海纳百川ＢＢＳ、我爱南开ＢＢＳ、上海交大饮水思源ＢＢＳ、复旦大学日月光华ＢＢＳ、北邮真情流露ＢＢＳ、.吉林大学牡丹园站、武汉大学珞珈山水等校园网站，禁止校外网民进入校内网站，实行ID实名制。
教育部的整肃令，引起青年学子及其绝大多数网民愤怒，令世界舆论感到震惊。清华学生在3月18日中午自发聚集在"行胜于言"校训日晷前，抗议水木清华BBS被关。北大等高校的有些版主用脚投票，已经宣布辞职。大陆网民和海外媒体更是一片批评之声。甚至大陆的开明报纸也发出委婉的不同声音。《南方都市报》在3月23日发表署名为长平的评论文章"高校不应建立网络围墙"；《中国青年报》在3月30日也发表长篇报道《活在BBS》。网名为"henrry"的网友的帖子最能代表民间的呼声："我泪长流啊！……永远记住这个日子：2005年3月16日星期三。在这一天的下午，在中国，乃至世界青年华人群体中享有盛誉的清华水木BBS死去了：在一小撮人的强令下，清华水木BBS被活活地缠上裹尸布，……中国最著名、历史最悠久的网站之一被敢于逆历史潮流的一小撮人给毁掉了！"
整肃校园的另一措施是清理教师队伍。中宣部和教育部联合发文，第一次明确把大学课堂列入宣传的范围，要求进一步加强和改进高校思想政治理论课，特别强调要把好高等院校教师的"入口关"，"加强师德建设"，对凡是不按教科书观点进行授课的教师，要调离教学岗位。还要求各地意识形态主管部门，在书、报、刊、台、网、手机短信之外，对座谈会、报告会、研讨会、讲座等各种形式的思想交流的活动，进行"属地化"的监管范围之内。教育部还发出《关于进一步加强和改进师德建设的意见》，其中规定：在教师资格认定和新教师聘用上，要建立师德考评制度，"把思想政治素质、思想道德品质作为必备条件和重要考察内容，对师德表现不佳的教师要及时劝诫，经劝诫仍不改正的，要进行严肃处理。对有严重失德行为、影响恶劣者一律撤销教师资格并予以解聘。
于是，写下《讨伐中宣部》的北京大学新闻学院副教授焦国标先生，一直受到来自官方的停课、劝戒、警告、警方监控等压力，但他并没有屈从于高压，坚持自己的言论权利和做人尊严。于是，北大校方乘焦先生远赴美国作研究访问之机，终于下了狠手，以"不听规劝"、"一意孤行"的理由将焦先生开除出北大。焦国标马上发表了《读路德传上北大校长万言书》，再次向意识形态主管部门和北大校方发出挑战。焦先生痛斥二十一世纪的中共政权和中国大学，远不及五百年前的罗马教廷和中世纪的神学院。
显然，整肃校园网络，试图把学校和社会隔绝起来，让大学校园变成只接受官方灌输的"纯洁"阵地；通过ID实名制威慑校内网民，使他们在发言时因恐惧而自律；开除焦国标先生，是用"砸饭碗"的方式来惩处"不听话"者，进而恐吓其他教师。
大学乃学术殿堂和育人之地，最需要自由的空气。遥想民国时期，做过教育总长和北大校长蔡元培先生所言："思想自由，是世界大学的通例。"蔡元培先生当北大校长时，一改旧北大的无自由局面，首创"思想自由，兼容并包"的学术自由和思想自由的新传统。正是蔡元培先生以自由立校的办学精神，才把北大变成了中国的自由传统的摇篮和一流的教育、学术的中心。
同时，当时的大学校长们，也大都敢于为了坚守大学的独立地位而顶撞衙门的肆意干涉。比如，在五四运动时期，因不满衙门对北大校务的肆意干涉，蔡元培先生于1919年6月15日发表了《不肯再任北大校长的宣言》，直言："我绝对不能再做不自由的大学校长。"首开中国现代大学校长挑战权力衙门的先河。
另一位著名知识分子兼社会活动家刘文典（字叔雅）先生，曾任安徽大学校长。1928-1929年间，刘先生曾为捍卫大学尊严和保护学生而两次挑战蒋介石对大学的蛮横干涉。刘先生留下的名言，至今读来仍然掷地有声："大学不是衙门！"
正因为民国时期的大学还具有独立性，大学校长们还能保持住学术尊严和人格尊严，所以，1926"三·一八惨案"发生后，北京各高校和大学校长、教授纷纷谴责段祺瑞政府的。1926年3月23日，北京各界人士、各社会团体、各学校齐聚北京大学大操场，为亡灵们举行万人公祭大会。北大代校长的蒋梦麟在会上沉痛地说："我任校长，使人家子弟，社会国家之人材，同学之朋友，如此牺牲，而又无法避免与挽救，此心诚不知如何悲痛。"1946年"一二·一"惨案发生后，时任北大校长的傅斯年赶到昆明，见到对开枪屠杀学生负直接责任的关麟征，第一句话就是："从前我们是朋友，可是现在我们是仇敌。学生就像我的孩子，你杀害了他们，我还能沉默吗？"
1949年后的中国，毛泽东把高校作为党权甚至他个人极权的工具。通过一系列针对知识分子的整肃运动，通过全国大学的院系调整，通过意识形态灌输，彻底取消了大学内的学术独立和思想自由，已经把大学变成了极权者的驯服工具，致使大学彻底堕落为"党权工具"，变成毫无创造力的"学术衙门"和培养犬儒的"动物园"。即便在言论自由早已成为普世人权的时代，在二十一世纪的网络时代，中共政权及其教育部治下的大学校园，仍然没有自由空气；各大学的校长们，非但不能起而保护校园自由、捍卫大学独立和师生的权益，反而变成了披着学术头衔的党棍。他们对党权的唯命是从，不但亵渎了真正的大学精神，也玷污了大学校长的真正职责。
近年来，在中共高层的提倡下，"创建世界一流大学"，已经成为中国高校的奋斗目标。教育部给名牌大学投入巨资，北大、清华等著名学府的校长接连发出誓言，口号喊得一个比一个响亮。然而，能否把大学办成一流，靠的绝非封锁校园、强制灌输和听话教育，而是一流的思想创造、学术成果和毕业生。没有最起码的学术独立和思想自由，不让教授们和学生们独立思考、畅所欲言，如何能创造出一流的思想和学术的成果，又怎能培养出高质量的人才？
看看今日中国大学的校长们，面对其野蛮性、残忍性远远超过"三.一八惨案"的六四大屠杀，他们中无耻者，争相表态拥护邓小平的屠杀令；他们中的良知未泯者，也多是保持沉默。六四之后，恐怖高压、灌输洗脑和利益收买，再次把大学改造成党权的驯服工具。大学校长们对中共高官极尽谄媚之能事，想方设法邀请他们出席XXX年的校庆日。甚至大学的地位高低是以出席重大校庆日的官员级别来标志的。北大百年校庆可以请到江泽民出席，北师大百年校庆就只能请到李鹏出席。
看看现在的高校，学术抄袭、文凭交易、招生黑幕、枪手论文、官员读博……校园腐败的愈演愈烈；奴才道德、木偶意识和犬儒哲学在著名学府大行其道，一些教授们和学生们唯利是图、口是心非，缺乏起码的职业道德和理想主义。这样的大学，造就的只能是谄媚权钱的奴才和唯命是从的木偶。
中国的各级大学与中央政府及其各级主管部门的关系，与通行的官场没有什么实质性区别。在大学中，校长不是由独立的董事会聘任，而是由上级主管部门任命。所以，高校里也有从上到下的党务系统，校长、院长、所长、系主任、甚至著名教授们，也是"学而优则仕"的产物，是占尽政治和学术的双重利益的受惠者。一方面，他们是上级任命的官员，握有学校的行政权力，其待遇严格按照中共官场的级别来确定。享受着副部级、司局级，县团级、乡科级的行政待遇。另一方面，他们又是教授、专家、学者、博导，是学术带头人、重点科研项目的主持人，也是学术委员会的评审人，握有巨大的学术权力。他们靠到教育部跑项目，用知识包装权势者，向官员和富豪卖学位，为其他教师评职称，压榨研究生的劳动……来谋取巨大的私利，致使 "学术腐败"愈演愈烈。
像其他中共官员一样，大学校长们也是一群媚上欺下的官僚，为了乌纱帽、也为了更多的经费、重点学科和博士点……他们一面巴结教育部官员，一面压制校内师生的正当权益要求，以维持所谓的"校园稳定"。不要说政治局高官的视察、教育部的部长副部长的指导是天大的事情，就是教育部的一个司局长或处长的光临，也要尽力满足"上面来人"的要求。去年，互联网曾经曝光了南京师范大学的一起丑闻，该校领导为了讨好某些教育部官员光临该校检查工作，居然强制数位女生为这些北京来的大员陪舞。
中共奴化教育体制下的大学校长以实际的言行宣告：大学就是衙门，校长们就是衙门的门童。只要是来自衙门的指令，一律惟命是从。现在，大学已经"与时俱进"为双重附庸，不仅是权力的工具，也是金钱的奴仆。而校园中的真正知识分子已经消亡，学术也早已失去应有的尊严。极少数敢于坚守知识分子立场和学术尊严的教师或学生，都会被作为"不安定因素"或"不听话分子"而被开除。所以，中国的大学：昔日是"自由的摇篮"，今日是"自由的坟墓"。
