陈希同在内蒙古某地被软禁交待问题期间，中央警卫局派去的保卫人员均没有资格聆听谈话内容，更没有可能看到陈希同的交待材料。中纪委专案组的人员均被尉健行一一谈话，向他们切实强调保密工作的重要。而每一批陈希同的交待材料或谈话记录在送达中南海的过程中，均由中央办公厅机要交通局驻守在那里的专门人员负责，机要交通人员每次来往中南海与陈希同被关押地之间，均有中央警卫局派人武装护送。
如此强调保密，皆因陈希同的交待材料涉及许多中共元老、高干子女，甚至在位领导人及其子女。
正因为对这一点心中十分清楚，所以自一九九七年年底开始，就不断有一些“*****党派”成员在听完处理陈希同的中央文件传达后，从中纪委给陈希同开列的几大罪状入手，认为挥霍公款、支持亲属经商等行为在共产党各级在位干部中十分普遍。现在单把陈希同抓了典型，难怪党内党外、海内海外均有人质疑“陈希同到底是政治犯还是刑事犯”的问题。
更有“*****党派”成员发牢骚说：如果说陈希同的犯罪行为“给党和国家造成了极其恶劣的影响”，那么对陈希同案的调查、处理程序本身，等于是在继续败坏执政党的形象。
这些*****党派成员认为，如果按照西方国家的司法标准，诸如渎职罪、贪污罪、偷税罪、受贿罪等等，随意援引法律条文，即可以给陈希同开列出数十项罪名。数罪并罚，不判个终生监禁，至少也会有数十年牢饭可吃。但是，如果按照中纪委给陈希同开列的那些罪状条目，似乎没有发现他将直接盗自国库的现金装进自己的腰包，侵吞大量贵重物品一项也十分含糊。至于“严重失职，对王宝森违法犯罪活动负有重大责任”一项，如果要从渎职罪的角度追究，那么陈了陈希同，前市委书记李锡铭，以及前北京市长兼市委副书记李其炎，甚至中共中央组织部都脱不了干系。
王宝森自杀后，陈希同曾经在政治局会议上检讨说：事先没有想到王宝森的违法乱纪行为已经严重到如此程度。无独有偶，陈希同被软禁并接受审查后，江泽民也曾经在政治局会议上表示：没有想到陈希同的腐化堕落到了这么严重的地步。如此说来，对于高居政治局委员的陈希同的违法犯罪活动，中共中央总书记江泽民及其他政治局常委，是否也是负有“不可推卸的责任”？是否也应该被扣上一顶“严重失职”的帽子？
从中共官方新华社统一发稿的对陈希同判决书内容看，他的所有犯罪同伙只有王宝森一人。不但李锡铭、李其炎、张百发等人均不被牵扯，就连已经因为贪污、受贿等罪行锒铛入狱的铁英（被捕前系北京市人大常委会副主任，曾任陈希同的秘书长兼办公室主任）、黄纪诚（被捕前系北京市政协副主席，曾任陈希同的市长助理）等人都与陈希同没有关连。而陈希同在王宝森问题上的犯罪内容，也被中共的判决书认定为“不正确履行和不履行职责，指使、纵容王宝森违反国家基本建设项目计划审批程序，擅自动用财政资金，修建两处豪华别墅，并在此吃住享乐，大肆挥霍国家财产，致使公共财产、国家和人民利益遭受特别重大损失，其行为构成玩忽职守罪”。
按照中共政权的判决书内容，陈希同是因为贪污罪被判处有期徒刑十三年，以玩忽职守罪被判处有期徒刑四年，两罪并罚，决定执行有期徒刑十六年。
事后，外界除了质疑刑期太短以外，也奇怪中共政权为什么对陈希同“特别开恩”，两罪并罚应该十七年，却无端减掉一年。其实，这是个不熟悉中共法律条文前提下的问题，依照共产党政权现有法律内容，凡“两罪并罚”者，都在两罪分别判处的有期徒刑相加之后，减去一至两年。过去无论是处理政治犯和刑事犯，均是依此作法，并非对陈希同“特别开恩”。
陈希同被判刑之后，还有海外报导披露说：陈希同在“玩忽职守”方面的犯罪内容，仅仅是判决书中所披露的这一项(擅自动用财政资金修建豪华别墅，并在此吃住享乐)，是否应该仅判四年有期徒刑？这也是中共内部争论不休的一个问题。原因在于无论是中纪委，还是检察机关内部，均有人认为陈希同纵容王宝森修建豪华别墅，是“违纪”而不是“违法”。
有中纪委人员举例说明，共产党执政史上，各地方领导人擅自决定动用财政资金在当年修建高级“楼堂馆所”的事情屡见不鲜，事情做得太过份的话，不过是“通报批评”或者免去职务而已。如今，陈希同以中央政治局委员、北京市委书记身份在北京市安排修建豪华别墅，虽然是他自己享用，但首先是没有在名义上归他自己，而是以领导人身份享受公费住房待遇的形式偶而占用；其次是这所别墅无论花去多少资金，实物还在。所以，如果一定要在此问题上给陈希同定罪的话，就应该把他在这所别墅中居住时所花费的服务管理费、吃喝用膳费用全加起来，然后以贪污罪论处。这一质疑提出后，尉健行等纪委领导人均认为有一定道理，于是便在由五百多人组成的陈案调查组中，专门分别出一个查账小组，负责对陈希同所有的“工作开销”一笔笔分类整理。于是，便有了如今判决书中所说的，“耗用服务管理费人民币二百四十二万元，吃喝挥霍公款人民币一百零五万元”。而这两笔数字，其实在一九九七年中共十五大召开之前的中纪委内部通报中，即已经同陈希同“纵子经商”和“在对外交往中收受贵重礼品”等内容，一起披露出来。
当时，就连一些过去对陈希同从无好感，陈希同下台后表现出幸灾乐祸的各省、部领导人，眼看仅仅以挥霍公款、纵子经商和收受贵重礼品等几项主要罪行，就决定对陈希同追究刑事，都心有戚戚然。
