报告本身批评制度及个别官员方面出现偏坦情况。报告指香港医疗制度有漏洞，但无官员须为缺失负责。制度与官员的关系，是否这么容易就能被分开？杨永强作为卫生事务的问责官员，应为失败的制度负责。
报告中最大争议的是，杨永强在3月14日发表非典型肺炎未有在社区爆发的言论，其后在17日晚，香港中文大学医学院院长钟尚志向传媒透露，非典型肺炎已扩散至社区。两者的言论存在矛盾，既然报告指杨永强当日的言论并没有错，那即是指钟尚志当日的言论有错，对于这个结论，是否能令公众信服？
另一个争议是封闭淘大花园E座的问题，委员会认为当局在处理上得当。淘大花园在疫情中，共有329人受感染，42人病逝。淘大花园业主委员会主席叶兴国对报告非常不满，他认为报告欠缺公信力，并指正与屋苑内死者家属联络，寻求法律意见，准备控告政府行政失当，以及要求赔偿。
医学会会长劳永乐表示，报告只指出香港医疗体制有缺失，但无人需要就事件负责，是自相矛盾。病人权益协会亦对报告指无人要负责，和无指出非典型肺炎爆发原因表示失望。护理人员协会表示，已有20多名受感染会员，打算控告政府及作出索偿，并指不会因为报告而改变决定。现在看来，报告并不是非典型肺炎事件的终结，而是另一阶段的开始。
杨永强在记者会上表示，曾反覆考虑过辞职，但为了承担责任，需要防范非典型肺炎再爆发，所以继续服务市民。但被3次问到有否向行政长官董建华辞职，杨永强却无正面回应。
“辞职”两个字，对以董建华为首的特区领导班子来说，可算是一个禁忌。问责官员可以向公众表示对事件负责及作出道歉，但为表负责而引咎“辞职”这个禁忌是无法从这些官员口中听到。
不过，从前保安局局长叶刘淑仪和前财政司司长梁锦松的收场来看，董建华最不想发生的事情，往往最终都会发生。
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