三峡工程预计将淹没陆地面积六百三十二平方公里。湖北省文物局三峡办公室负责人对新华网表示，三峡工程将淹没秭归、巴东、巫山、奉节、云阳、万州、忠县、丰都等数千年历史的古城，库区文物十分密集，种类繁多，地面有异彩纷呈的民居、古庙、桥梁、碑刻等，地下有遗址、墓葬、石器等。这些文物古迹跨越旧石器时代、新石器时代、夏商时期、春秋战国时期、两汉和唐、宋、元、明、清朝，时间跨度之长，堪称一部“中国实物通史”。
一九九四年，中国大陆国家文物局与专家学者组成“三峡文物保护规划小组”，由中国大陆历史博物馆馆长俞伟超担任组长，组织全大陆三十多所大专院校和科研单位的数百名学者，对三峡地区文物展开地毯式调查。
调查结果举世震惊，专家共记录文物点一千两百八十二处，其中有六十多处旧石器时代遗址和古生物化石点，八十多处新石器时代遗址，一百多处古巴人遗址和墓地，四百七十处汉朝至六朝的遗址和墓地，六处古代枯水题刻和数十处宋代以来的洪水题刻组成的罕见古代石刻水文记录长廊，两处东汉石阙题刻和数十处唐代以后的摩崖造像、碑碣、摩崖诗文题刻，近三百处明清建筑物，包括庙祠、民居、桥梁等。
其中，白鹤梁、大昌古镇、张飞庙和石宝寨这四大地面文物特别珍贵。涪陵白鹤梁古代水文题刻是目前世界发现最早、时间最长、数量最多的枯水水文题刻，远超过埃及尼罗河类似的水文石刻，被誉为“世界第一古代水文站”。巫山县大昌古镇有一千七百多年历史，是重要的物资集散地和历代军事重地，其中的温家大院是当地清代民居典范。云阳县张飞庙汇集唐宋元明清建筑精华，庙内有大量字画碑刻珍品，有“文藻胜地”之称。而被誉为“世界八大奇异建筑”的石宝寨，是中国大陆现存体积最大、层数最多的穿斗式木结构建筑。
湖北省文物局三峡办公室主任王风竹坦承，按照三峡工程进度，三峡库区文物保护的时间只有十年至十五年，如果以正常的工作方式，保护完库区文物至少需要五十年，而且时间紧，任务重。
预计二○○九年完工的三峡大坝，耗资高达一千八百亿元人民币，共需移民一百一十三万人，影响极大。北京当局声称，三峡大坝具有防洪、发电、航运等综合效益，巨大发电能力将提供经济发展之所需，而防洪作用将大幅降低长江洪水对生命财产的损害。但大陆专家仍质疑兴建大坝的必要性，并警告这项工程将对生态环境和文物古迹造成毁灭性影响。
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