现在已经开发开放的35号石窟面积有12000平方米，最高处离地面有18米，上下落差有25米，最深处比目前的新安江水面还要低2米，里面有16间石房和26根石柱；2号石窟整体呈现楼上楼结构，而且两楼之间原来没有任何通道，二楼的地下长廊宽阔悠长，环境干爽，面积有4800平方米，清理石窟时发现了从唐朝到晚清等不同朝代的文物，还有钙化木化石及钟乳石。
这次整理的猜想中最引人注目的是石窟屯兵说，因为早在三国时期，孙权为稳定徽州局势，派大将贺齐屯兵于溪水之上，后来还将新安江上游地域改名为屯溪。这段史实似乎印证了花山谜窟是贺齐屯兵和储备弹药的大本营；
古徽州的经济文化非常发达，历史上给后人留下了无数的气势磅礴、做工精巧的古民居、古桥和古道，建设所需要的石料会不会是从紧靠新安江的谜窟内取出来后通过新安江运输到徽州各地的呢？因此采石场之说也有理由；
皇陵说－－花山谜窟规模宏大，气势磅礴，如此浩大的工程凭借个人和民间组织是难以完成的，自古以来古徽州就是人们推崇的宝地，素有“生在苏州，玩在扬州，葬在徽州”之说，这里水文地理条件优越，很适合建筑陵墓，因此有人猜想花山谜窟是因战乱改朝换代原因没有完工的皇陵；
史前文明说－－有地理学者把北纬30度称作“神秘线”，在这条神秘线附近分布着许多神秘莫测、鬼斧神工的世界奇观，例如古埃及金字塔、百慕大三角、死海、撒哈拉大沙漠等，花山谜窟也位于北纬30度附近，所以有人大胆猜想，认为这是外星人的杰作；
功能转化说－－有些专家考证说这些石窟不是一个朝代和一个时期一次性完成的建筑，而是在漫长的历史中不断开凿而成，最初可能是为采石，但是后来人们将它用作避难、屯兵、储粮食等用途，这种假说可以解释同一石窟石纹凿痕不同，花纹图案不一样的现象；
山丘说－－上海复旦大学的教授在考察后大胆设想，石窟群的几十万立方米石料运出洞口后就地堆积，日积月累形成新的山丘；
道家福地说－－离石窟不远的地方就是全国四大道教名山之一的齐云山，而道家有用群洞做福地修身养性的传统。从齐云山到石窟群有新安江水路可以直达，这种猜想可以解释众多石房之谜。
此外还有巨型石文化建筑说等等，但这些猜想都不是很完整，一个猜想解释了这个疑问，又无法圆其他的疑问，所以花山谜窟的诸多谜底到底何时能揭开，这本身也已经成了一个最大的谜。
安徽日报
