閻錫山對寧漢兩個政府持截然相反的態度。（網絡圖片）
按：「武漢商人的資本，以及豐裕之人的產業，都一概被沒收，已經完全實行共產」，「漢口方面將孔子塑像抬上遊街，橫加侮辱，顯然是毀滅中國文化。我即不與漢口往來，只與南京合作。」
閻錫山對蔣介石南京政府極表贊同，而對當時以汪精衛為首的武漢政府則極為鄙夷，他認為，「武漢不倒，南京必失敗，時期愈延長，愈危險，武漢倒後，中國之軍閥，必不足以為國民黨之敵手也，應排除一切，專對武漢。」
閻錫山所以對寧漢兩個政府持這樣截然相反的態度，這從他對武漢政府派來的代表孔庚於6月17日抵達太原後的談話中，可以清楚地說明其原因，閻錫山對孔庚說：
「南京是國民黨的政府，蔣總司令是總理的信徒，是革命的。武漢是共產黨的政府。山西人已害怕，已決定約蔣總司令動員北伐，拒受漢口政府之命令」。
「武漢有一個鮑羅廷，是第三國際派來的，武漢政府完全為他所把持，一切事情非得他的許可，不能有所作為。武漢商人的資本，以及豐裕之人的產業，都一概被沒收，已經完全實行共產。」「漢口方面將孔子塑像抬上遊街，橫加侮辱，顯然是毀滅中國文化。我即不與漢口往來，只與南京合作。」
這也是閻錫山何以不接受武漢政府於3月11日任他為國民革命軍北方總司令一職的原因。而在此期間，由於奉軍在津浦一線作戰失利後，準備向南京政府妥協，其中奉方只提出兩個條件，即「一、廢除共黨。二、與俄脫離關係，如寧方能行二條件，津浦戰事立即停止。」
在閻錫山看來，既然南京政府是堅決的，蔣介石是「革命」的，而奉方又把廢除共黨作為了與寧方合作的條件，那麼，與蔣介石合作既可遂其志，又不會招致奉方的報復，於是，他不久便通令全省易幟，並毅然就任國民革命軍北方總司令，並與蔣介石攜手合作。
從閻錫山這種選擇上，可以清楚，他的易幟和後來討奉北伐的目的之一，是想要通過經蔣介石領導的北伐，消滅、撲滅共產黨工農群眾運動，以及北洋軍閥等地方勢力。「4･12」清黨後，閻錫山曾多次向蔣介石提議「聯奉討共」，並勸促奉方與南京政府合作，「組織討共大同盟」。
中共在山西的第一個組織——太原支部，是高君宇受北京區執行委員會委員長李大釗委派，於1924年5月成立的。由張叔平、傅懋恭、紀廷梓組成支部幹事會，張叔平任書記。閻錫山對於黨派活動雖然一直限制較嚴，「4･12」清黨後，閻錫山也在山西「清黨」。
在「清黨」中，閻錫山提出了「清其法」重於「清其人」的做法。他說：「惟自本黨容共以來，共產黨之革命方法，公然侵入本黨者不少。喊叫的口號，實施的行為，多陷於共產化。劃分階級，挑撥爭鬥，誠認為招兵良法。本黨黨員不知不覺中，亦仿效之。此實本黨之大危險。亦民族殘殺之弊端。今日清黨，實為本黨之緊要工作。」
對於馬克思「按需分配」的理論，閻錫山也大加否定。他認為「就事實言，勞動者對其所生之產，無享有權，只能享受，勞動與享有分離，『分配既不公道』，即『不合乎人情』。生產的勞動為痛苦的，若成為強迫之被動的勞動，人必怠於勞動，則不『適於生產』，其弊一」；「人之智，愚、巧、拙各不相同，乃使其獲得同等的享受，不足以激勵勞動創造，其弊二」；「親人之父母，不若親己父母，愛人之兒女，不若愛己之兒女，終老長幼之責，不能付之直系親屬，而付之政治，有老困於終，幼困於長之慮，其弊三」。因此，閻錫山認為「按需分配」不合乎「公道」，不合乎「人情」。
