周恩來給的秘密報告中說，共軍在抗戰中的傷亡僅佔3%，圖為周與王明等人的合影。（圖片來源：wikipedia）
1940年1月，周恩來給斯大林的秘密報告提到，中國有百萬以上的士兵陣亡或受傷（顯然是指到1939年8月為止）。他說，在這個數字當中，八路軍傷亡僅有三萬人，新四軍則為一千人。換句話說，抗戰打了兩年多，依照中共自己的說法，共產黨在整個傷亡人數中只佔百分之三。
1939年8月，周恩來向中共中央政治局提出一份足可反映他個人全力支持與蔣介石結成統一戰線的報告。他指出，抗戰進入第二階段，國共之間已出現困難和危機，但如果處置得宜，情勢可以鞏固團結、加強作戰力。他解釋說，蔣的做法就是與蘇聯結盟，與中共則是結盟、鬥爭和同化。周恩來總結他和蔣多次長談的印象，指出蔣雖然不明白中共的階級基礎和進步性質，他「隱約承認（中共）它的組織技巧、實質鬥爭、克服萬難的能力、堅持不懈、主動精神」。更有意思的是，周恩來兼顧到雙方的說法：「（國共）兩黨都怕被推翻，有疑慮、心胸不開闊。」甚且，兩黨「落後的積極份子會被其他人利用來挑釁、製造分裂。」他說：「中共應支持蔣介石的領導；當他遇上困難時，協助他，當他不公正時，摒棄他。」「固然不應對他期望太高，但也不表示他的態度不能改變。」他建議政治局，八路軍不應進入山東省，也不要進入淮河平原。
蔣、周之間的關係一向客客氣氣、相互敬重，現在變得多了些關心。周恩來寫完報告後不久，即從馬背上摔下來，手臂斷了。在毛澤東總部當醫生的美國人馬海德（George Hatem）認為周需要到莫斯科診治。蔣派他的專機送周恩來、鄧穎超夫婦到新疆省會迪化，再轉搭蘇聯飛機前往蘇聯首都。
8月22日，全球衝突之勢已經相當明顯之際，莫斯科和柏林卻作出石破天驚的宣布，宣布他們已簽署互不侵犯條約。蔣大感意外，日本人則大吃一驚。一下子，反共產國際公約就瓦解，取而代之的是反民主的同盟。日本陸軍的構想先成立傀儡政府掌控中國，再與德國結盟、瓜分蘇聯，轉眼化為泡影。同時，日本陸軍在「滿洲國」和外蒙古邊界諾門坎村和蘇軍發生衝突，折損一個師的兵力，更讓皇軍想在西伯利亞和以西地帶建立日本帝國的野心，為之粉碎。但是，局勢逆轉卻給日本海軍及內閣中的支持者帶來機會。希特勒預備舍蘇聯，而向英、法開戰，已使這兩個民主帝國主義者在遠東的領土成為容易下手的目標。
1939年9月1日，德軍攻入波蘭；9月17日，蘇聯援引德蘇條約一項秘密協議，佔領波蘭東部。全世界的共產黨在此之前狂熱支持統一陣線，主張誓死抵抗法西斯，這時卻突然大轉向，稱頌起德蘇條約。毛澤東也歡迎此一條約，聲稱它「加強全體人類贏得自由的信心」。
斯大林告訴蔣介石，德蘇條約不會影響蘇聯對華援助。蔣在德蘇條約公開後，親筆修書給斯大林，宣稱中國人民絕不會忘記斯大林的「真誠協助和偉大領導」。他強調，世界和平與公義「全賴蘇聯與中國」。可是，私底下，蔣的反應截然不同。他認為，世界事務巨變預示蘇、日之間不無可能也會簽定密約，終將導致世界大戰，屆時中國將和蘇聯站在不同邊，會和民主國家結盟對抗極權主義。他歡迎有可能讓中國目前唯一的盟友意識形態上有敵意的蘇聯，換成反共、更富有、更強大（不過目前仍走孤立主義路線）的美國。蔣在日記寫下：「我國對歐戰政策之唯一主旨，端在參加民主陣線，以為他日媾和時，必使中日戰爭與政戰問題同時連帶解決也。」他曉得自己必須在外交上「唯有緊握機會，恃其在我。所謂以至不變御製變者，對德外交，與對俄外交，積極運用之所研究。」
1939年初，美國醫生葛林來到上海，和住在公共租界的家人短暫相聚。通過捐款，他弄到一輛新卡車、五噸醫藥品和六十八箱食品。他先把卡車和物品交水運，運到仍在國民政府控制下的寧波，然後展開一千六百公里旅程回長沙的醫院。跟他一起擠在卡車裡的還有兩位天主教修女、一名上了年歲的傳教士、一名美國志工醫生、兩名逃出德國的猶太醫生。走在擠滿難民的路上，有時候更在日軍防線後方十六公里處，葛林竟然平安回到長沙只打翻一罐阿司匹林！他發現長沙城已幾近空城。去年秋天南昌淪陷後，長沙預期日軍會再度來犯，政府炸毀殘存的樓房建築，卸走鐵軌、枕木。可是，湘雅醫院照常開門，擠滿傷員。葛林一天要動手術二十八次！
但是一直要到9月，日本十一軍長官岡村寧次才向長沙挺進。蔣介石命令長沙守將薛岳與士卒堅守陣地、共存亡，但是也說明他的計畫是把日軍引向長沙，然後發動「大突襲」。117第九戰區（湖南包括在內）司令長官陳誠已在日軍三萬名部隊的側翼部署了三十六萬五千名大軍。9月27日，中方運用高明的戰術動作（包括時機拿捏得宜的人海攻勢）攻擊日軍。日軍傷亡慘重，但突圍成功、退回武漢。長沙大捷消息傳出，中國士氣大振；當然，中國人的英勇、日本人的傷亡，再次遭到誇大渲染。
戰爭進行到這時候，日軍陣亡或重傷的士兵已逾五十萬人，日本皇軍參謀本部已經選定了策略：鞏固控制區域，至於區域外則採取懲罰性出征。蔣介石這邊的策略，基本上採守勢，但又不全然如此。1939年冬天，他下令八個戰區發動全面冬季攻勢。根據日本方面的記錄，這一場攻勢中方四十五萬名士兵在一千三百四十次交戰當中，發動九百六十次進攻。基本上，這次反攻是失敗的，有些中方前敵指揮官只是虛應了事。最重要的因素依然是：雙方在武器裝備上實力懸殊。經過兩年半的鏖戰，中國政府的軍火工業幾乎已夷然不存，這個缺點比起從前更糟。
中華人民共和國某位研究抗戰史的學者撰文說：「國民政府加強剿共行動之際，並未降低抗日侵略的動作。國民黨在敵前和敵後戰場都很活躍。」從1938年10月武漢淪陷，到1941年12月7日，中國部隊傷亡高達一百三十萬人。1940年1月，周恩來給斯大林的秘密報告提到，中國有百萬以上的士兵陣亡或受傷（顯然是指到1939年8月為止）。他說，在這個數字當中，八路軍傷亡僅有三萬人，新四軍則為一千人。換句話說，抗戰打了兩年多，依照中共自己的說法，共產黨在整個傷亡人數中只佔百分之三。周小心地向斯大林保證，中共的基本政策是支持蔣介石領導抗日，承認「國民黨在領導全國權力機關和軍隊的關鍵地位」。
周恩來在給斯大林的報告裡也聲稱，蔣介石的政府「團結全國所有勢力」，執行「中國史上前所未有的解放戰爭」。他說：「軍官團不問其階級出身如何，都展現出決心、勇氣和無私在戰爭中幾乎全無陣前逃亡的情形。」周和毛想讓斯大林知道，國共兩黨是多麼努力抗日，但是他們提到的傷亡數字很可能正確無誤；低報他們自己的傷亡、誇大政府的損失，對他們並沒好處。如同周恩來的說法，他們可能也瞭解，大多數的國民黨軍官團事實上英勇作戰、傷亡慘重。
