「祝由」一說，從現存典籍來看，最早見於《黃帝內經》中的《素問》和《靈樞》。
據這兩本書的描述和「祝由」一詞的本義，「祝」是指「祝禱」，多半是由「巫」來承擔的，因為「巫」和「祝」在古代基本上具有同樣內涵。「由」則指病因、病由。因此「祝由」就是根據病因之所在，用祝禱去治病的方法。
《素問》說它是一種「古之治病」的方法，是通過「移精變氣」的手段來達到其去除病因的目的。由此可知，「祝禱」只是人們可以目睹的表面形式，真正實質性的除病過程是在超越感觀以外的「移精變氣」中去進行的。「往古」之時，人們沒有複雜的心理活動，心志內守，「內無眷慕之累」，身處自然之中，順應四時變化，人身正氣強固，病「邪不能深入」，因此「移精祝由」就足以把病治好了。到了黃帝、歧伯那個時代，人就已經變得不那樣順應自然了。
「憂患緣其內，苦形傷其外」，又不順應四時氣候變化，逆著寒暑節氣行事，使得「賊風」、「虛邪」頻頻襲人，內傷「五臟骨髓，外傷空竅肌膚」，乃至小病變大病、大病則造成死亡。這一來，祝由的方法也就不像過去那樣有效了。
又據《靈樞》，祝由這種治病方法，自來就善治那種突如其來、既無外因又無內因的怪病。這種病一般人都歸於鬼神所為，因此由巫來祝禱就是理所當然的了。但歧伯認為，其中也有病邪留在體內「未發」，一旦病者心中情志波動，「血氣內亂」、正邪「兩氣相搏」而成病的。
由於這種病的病因(物質結構)極其微細，「視之不見、聽而不聞」，因此就像鬼神引起的一樣。當黃帝問為什麼可以祝禱而治癒時，歧伯回答說，古代那些巫，由於知道各種疾病的克制方法，又預先看到病是從哪裡來的，因此用祝禱來治療就能奏效。
按《歷代職官表》所載，「祝由」治病的方法在周代至唐代以前的官方醫療機構中都沒有被提到，但是在唐代的「太醫署」中卻是四大科之一，只不過名字叫作「咒禁」，更加強調其「祝禱」的內涵以及禱詞的「咒語」性質。唐代的「太醫署」既是醫學教育機構，又是醫療單位，在編製上分為四科：醫科、針科、按摩科、咒禁科。其中醫科又設有體療、少小、瘡腫、耳鼻口齒和角法等不同專業。
每一科中設「博士」一人，其餘依次設有「醫師」、「醫工」、「醫生」若干人，在醫科和針科中還各有「助教」一人，次於「博士」、高於「醫師」。在當時的「咒禁科」中設有「咒禁博士」一名、「咒禁師」兩名、「咒禁工」八名、「咒禁生」十名。
從唐代以後到明代以前，「祝由」或「咒禁」的名稱又不見於官方記載了。明代的最高醫療管理和教育機構是「太醫院」。太醫院中設有十三科：大方脈、小方脈、婦人、瘡瘍、針灸、眼、口齒、接骨、傷寒、咽喉、金鏃、按摩、祝由。
一方面，祝由治病的方法又重新得到了官方最高醫療機構的承認和扶持；另一方面，祝由科已經是十三科之末了，因此有「祝由十三科」之稱。到了清初，太醫院的科別設置減為十一科，祝由科被排斥出了太醫院。明代以後，似乎祝由科便再沒有回到過官方醫療機構的花名冊上。
但是，這並不等於說，祝由治病的方法就已經沒人用了或者絕傳了。在中國大陸的氣功高潮時期，還有人把祝由治病的方法當作氣功方法來傳，或者用它來治病掙錢。因為它和氣功治病有某些相同點：都不使用藥物；治病機制都不能用通常的醫學理論來解釋等等，因此也有些人便把它和氣功治病混同起來。
如果一種治病方法超越了常人感官所能體驗的範圍，同時也超越了常人理念所能認識的範圍，並且往往不能通過常人自己的努力去學習，更不能大面積的去傳授和普及，我們就把它叫做「超常」的治療方法。比如，中醫內科的方法不是超常的，因為多數情況下中醫的處方都符合現存中醫的基本理論，這些理論人人都能學習和傳授；針灸和按摩也不是超常的，他們的治療過程能被多數病者感覺到或者部分的感覺到，他們的理論已經成為指導臨床治療的準則，其學習和傳授也是廣為普及的。
而「祝由」則是超常的治療方法，因為迄今為止人們還沒有一種通行的、可以為常人理解、接受的理論來指導和解釋它的治療原則。
值得注意的是，任何一種非超常的治療方法中也可能包含某些超常的成份。比如，中醫內科的方法不是超常的，但有些中醫處方(比如孫思邈《千金要方》中的某些方劑)的結構完全不符合甚至違背現行中醫理論，而又有很好的治療效果，當我們用這些處方治病時，又可以說是用了超常的方法。因此，當我們說一種治療方法不是超常的，是指用這種方法治病的情形中，絕大多數案例中用的都不是超常的方法。
當一種超常的治療方法逐漸被越來越多的常人「掌握」，產生出越來越多可以普傳的理論和實踐方法時，它就逐漸的變成了非超常的方法，也就是變成了常人層次的東西。這一過程就是我們說的「常人化」過程。
值得指出的是，任何一種治療方法在常人化前後都是完全不同的兩種東西。其最明顯的區別是：常人化以後的治療效果會遠遠不如常人化之前。不僅如此，哪怕一種方法沒有被常人化，但卻被大面積的使用了，其治療效果也肯定會大幅度下降。「祝由」療法就是這樣的一個例子，另一個最明顯的近期例子是「氣功」治病。
上古時代(這裡指黃帝時代以前的某個時代)有一個叫苗父的人，是一個「上古為醫者」。他的診治手法和過程是非常奇特而超常的：他用菅草(一種多年生草本植物)編成席子，供病人和自己坐、臥，又用草把子紮成狗的模樣。對於任何前來求助的病人，他都拿起一隻草狗，面對北方，口中唸唸有詞，念出十個字來。於是，無論是扶著來的，還是抬著來的病人，立刻就能康復如初。
苗父的治病手法，完全滿足「祝由」治病的定義，但我們卻不能把他說成後世所謂的「祝由科」醫生，因為後世「祝由科」醫生們遠遠沒有如此神奇的療效。「祝由」是很難常人化的一種治療方法，特別是在當今許多人都不信神的社會裏。但它也在不斷承傳中發展出了一些可以廣為普傳的常人技巧，比如唸咒、畫符、燒符、焚香、化紙等等。然而，也就因為這一原因，它的治療效果就必然要下降，因此後世的「祝由科」醫生們通常治不了大病，不像苗父那樣只用一隻草狗十個字，就能治大小各種疾病。
其實，我們認為，「祝由」治病的人和他們治病的機理都可能有層次上的千差萬別。在遠古時代用「祝由」治病的人可能多數是修煉人或者天生的特異功能者，以後傳播面廣了，不但治病效果不行了，治病的機理也變了。特別是後世那些役使低靈為自己謀取物質利益的人，他們不但完全敗壞了「祝由」治病這種歷史極其悠久的治病方法，而且會給病者、甚至他們自己帶來許多難以預測的危險。
