神秘密碼不僅本身疑霧重重，編寫它們的原創者更是查無所蹤，因此有關它們的故事也就不由得引得外界臆想連篇：有的密碼暗藏驚天秘密，有的卻被認為是「惡作劇」。僅僅分辨真密碼和惡作劇這項工作，就已經讓眾多解碼高手頭疼不已，更別說破譯真正的密碼了。
伏尼契手稿(The Voynich Manuscript，15世紀至16世紀)
1912年，美國珍本書商伏尼契(Wilfrid Voynich)在羅馬附近一所耶穌會大學圖書館，發現一份以奇特語言寫成的手稿，手稿中還有許多奇異的圖片，看來像是中世紀煉金術士或草藥醫生的參考書，但似乎完全以密碼寫成。手稿上的17世紀字母說明，在1586年由神聖羅馬帝國的魯道夫二世收購。1600年代，至少有兩位學者曾試圖解讀這份手稿，後來它消失了將近250年，直到伏尼契發現才重見天日。
伏尼契敦請當時頂尖的密碼學家破解這份奇特的手稿，但它似乎和任何已知語言都毫無關係，其所述內容自然也無從理解。這件手稿有246頁牛皮紙，其中出現的大量手繪植物根本就不存在，此外手稿中還畫有星座符號、星象圖表、藥草插圖，甚至裸女。有人猜測說這本手稿中的內容是某種自然界中不為人知的神秘法則，也有人猜測裡面講述的是中世紀的神藥，現在僅能肯定的是，手稿中的語言自成一派，同歐洲語言相去甚遠;其字母系統在19個至28個字母之間，每個詞長中含有希蠟文或拉丁文的衍生詞。該手稿共計17萬字，從左至右書寫，沒有任何標點。
由於沒有任何體系或資料可以作為手稿中語言的鑰匙，更無法將有意義的內容從大篇的「補白」中分離，不少科學家懷疑這部手稿就是一個精心設計的騙局。但Kevin Knight從手稿中的字長和頻率分布發現詞語形態學(即詞形構造)的存在。「更令人驚奇的是，每頁的主題符合類似自然語言(相對於計算機語言)的形式。」但伏尼契手稿的來源和語言仍是個謎。
