三峽工程屢遭質疑，關於「三峽工程建設基金」超期徵收又引起本就對中國電價漲價不滿的民眾議論。「三峽工程建設基金」徵收到期後，當局以「國家重大水利工程建設基金」換個「馬甲」繼續收費，讓老百姓為三峽工程買單。
不久前，大陸最為著名的從事宏觀經濟與戰略決策研究的民間智庫安邦諮詢發文稱，三峽工程在2009年全部完工的慶典上，居然沒有一個當局領導人到場祝賀！這在中國是極為罕見的。從後續影響看，三峽工程所需要的資金是個無底洞！繼今年5月經濟學家馬光遠在微博質疑「三峽工程建設基金」超期徵收後，近日，一篇名為「三峽工程又一秘密」的文章再次在網上引發關注。
文章說，「三峽工程建設基金」應該在工程全部完工就停止徵收，但至今仍在收取。公眾所期待的「電費下降」並沒有隨著三峽工程的完工而實現。馬光遠曾在微博表示：三峽工程早於2009年全部完工，為什麼今天在電費裡，每度電還要收取0.7分的三峽工程建設基金？此微博使「三峽工程建設基金超期徵收」炒得沸沸揚揚。民眾質疑「中國老百姓為三峽工程買單，發電賺了錢他們卻不參與分紅，政府還要繼續收費，繼續漲電價，有這樣黑心的嗎？」
針對「三峽工程建設基金」被質疑超期徵收，《財經中國》題為「三峽工程建設基金與重大水利基金之間的那點事」的報導表示，三峽工程從1993年準備工程算起，總工期當初預計為17年，2009年工程全部竣工。
1992年，興建三峽工程議案通過後，國務院決定除西藏、貧困地區的農業排灌用電、縣及縣以下的孤立電網除外，中國用電加價0.3分錢/千瓦時，與葛洲壩電廠上交的利潤一併作為三峽工程建設基金，專項用於三峽工程建設。1993年4月14日，當局國家計委等部委再下發通知，規定從1993年1月1日起，對葛洲壩電廠上網電價在現行電價的基礎上每年提價1分，分4年到位，作為三峽工程建設基金。從1996年2月1日起，在三峽工程直接受益地區和經濟發達地區的16個省、直轄市每千瓦時提高到0.7分錢。
2009年三峽工程全部竣工後，「三峽工程建設基金」徵收期限已到，這項基金是否就該停收？2009年財政部印發的《國家重大水利工程建設基金徵收使用管理暫行辦法》稱，2010年1月1日起，三峽工程建設基金停止徵收，但為其籌資的電價附加不取消，繼續以新設立的國家「重大水利工程建設基金」的名義徵收，為期10年。可見從2010年開始，雖然停止徵收「三峽工程建設基金」，但改為徵收「重大水利基金」。對此公眾普遍視為三峽基金「換馬甲」——換湯不換藥，不懈質疑。
《財經中國》的報導表示，「三峽工程建設基金」這個理應被取消的基金，幾經輾轉以「重大水利基金」的名目持續徵收。文章質疑，在2011年的財政年鑑中，這兩項基金同時赫然在目。難道國家並沒有「以重大水利基金」取代「三峽工程建設基金」？兩個基金同時徵收？
2011年5月18日的國務院常務會議，通過了積壓半年之久的《三峽後續工作規劃》。官方隨後發布的公告中，將三峽工程的一些不利影響擺到台面，如移民安置、生態環境、地質災害、長江中下游航運、灌溉、供水等。對此，旅德工程水利專家王維洛認為，官方有條件地把上述問題擺到台面上，是為了要錢。根據肇事者原則，三峽工程帶來的不利影響，就應該由三峽工程投資解決。三峽工程並無什麼防洪、發電、航運等的綜合效益，真正實現的只有發電一項。目前每年發電的收入為二百多億元。
據王維洛計算，到2010年僅中國百姓從電費中繳納的三峽基金（包括其後續基金）已經達到1100億元人民幣，超過三峽工程總投資的一半以上。但是三峽工程的發電利潤並不屬於中國老百姓。三峽工程的所有水輪發電機已經被私有化，全部發電利潤屬於一個股份公司。三峽工程的一些決策者、中央部委和地方的一些官員以及主要工程技術人員則是這個股份公司的原始股持有者。王維洛認為，如果當局用三峽工程的發電利潤來支付三峽後續工作的投資，也是一種可行的選擇。但它不會這樣做，這樣會侵害利益集團的權益。因此，由老百姓繼續為三峽工程帶來的不利影響買單。
三峽工程這個號稱世界上最大的水利樞紐工程，引發的聲勢浩大的百萬移民工程，水電過度開發對環境造成的破壞，尤其是地質災害，使它從開始籌建的那一刻起，便始終與巨大的爭議相伴。三峽大壩工程貽禍無窮，堪稱到了流膿現瘡的地步。據維基百科記載，1992年國務院向全國人大提交三峽工程建設議案的舉動，被廣泛質疑是官方刻意要把三峽工程辦成「鐵案」。1992年4月7日該議案終於進入表決程序，共有2633名人大代表參與表決，結果是贊成1767票，反對177票，棄權664票，未按表決器的有25人。表決雖然獲得通過，但贊成票只佔總票數的67％，是迄今為止當局全國人大所通過的得票率最低的議案。
財經網發布「安邦諮詢：三峽工程正在成為一個無底洞」的文章說，三峽工程是中國歷史上最大的超級工程之一。它不僅投資巨大，而且遺留的問題眾多。尤其引人關注的是，三峽工程在中國引發的爭議也前所未有，以至於它在2009年全部完工的慶典上，居然沒有一位當局領導人到場祝福！這在中國是極為罕見的。與同樣是超級工程的載人航天相比，二者的政治地位簡直是天壤之別！
安邦諮詢的文章還稱，在2009年的研究簡報中預警，從後續影響來看，三峽工程所需要的資金可能是一個無底洞。「預警被不幸言中，三峽工程正在成為一個無底洞」。三峽工程「是炸還是拆」？這樣具有強衝擊力的文章又開始流傳。
當局在1997年11月8日舉行「長江三峽工程大江截流儀式」，三峽工程正式在巨大爭議聲中強行上馬。事實證明，當局宣傳的三峽工程「具有防洪抗旱、發電、航運、環保等巨大的綜合利用效益」並沒有在現實中真正實現，相反，由此引發的各種用途之間的矛盾、移民、生態環境遭破壞等諸多問題，卻證明三峽工程「弊大於利」。
三峽工程全稱長江三峽水利樞紐工程，因位於長江干流的三峽（即瞿塘峽、巫峽、西陵峽）河段而得名。三峽河段全長約200公里。三峽工程計畫總工期17年。據南方報網報導，關於三峽工程是否上馬的那場著名論證始於1986年6月，由原水利電力部組織，分為14個小組，共412位專家參與，歷時3年。同這場論證一同記入史料的，還有拒絕在論證報告中籤字的9名專家。如今，9位專家的姓名已鮮為人知。有些專家目前已過世。
在三峽大壩擬議修建之初，著名水利專家清華大學教授黃萬里從地質、環境、生態、軍事諸方面痛陳三峽工程的危害，他預警了三峽水庫蓄水後卵石淤塞重慶、四川水患、浩大的工程開銷和必將釀成禍患的移民安置，並預言三峽高壩若修建，終將被迫炸掉。因此，他不被邀請參加三峽工程論證。黃萬里先後三次致書時任當局黨總書記的江澤民，指出根本不可修建這一禍國殃民的工程。他回憶，共給當局六封信，附了六篇文章，卻沒有收到一次回信。但是給美國總統寫信，「我十天內便收到克林頓的回信」。他痛心疾首，晚年病重彌留之際，心頭唸唸的是長江水患對策。2001年，他帶著無盡的遺憾離開人世。
1992年4月3日，「七屆人大」五次會議代表表決三峽工程議案，來自臺灣彰化縣的「人大常委會」委員黃順興要求公開發言，表達對三峽工程的不同意見，但不被理睬，黃順興當場退席。通過旅居德國的著名水利工程專家王維洛所披露的「三峽工程環境影響評估」內情，外媒將三峽工程的論證比喻為「科學淪為政治的婢女」。據披露，三峽工程第一個環境影響評價報告的結論是該工程弊大於利，因而不為當局所喜，於是以評價過程中的一個程序瑕疵為藉口否決了整個報告。第二個環境影響評價報告不是在另行調查的基礎上重新撰寫，而是片面地選擇性利用原有的調查資料，在短短的6個月中就完成了分析、報告書寫、上報審批的全部過程，結論卻成了利大於弊。三峽工程議案最終以1767票通過，反對177票，棄權664票通過，反對票和棄權票之多，在大陸建政後投票史上是破天荒的一次。
1993年1月，國務院成立三峽工程建設委員會，由李鵬擔任主任。三峽工程在一片爭論聲中上馬開建。多年關注並推出系列三峽組合報導的大陸記者趙世龍的博文《告訴你一個真實的三峽》揭示三峽工程的修建帶來的一系列問題：三峽2003年成庫蓄水僅三個月，川鄂多口被廢棄的古鹽井爆發天然氣井噴；同年底庫區發生地震；三天後巴東發生舉國震驚的天然氣井噴，毒死244人。監測結果顯示，水庫蓄水後整個三峽地區微震活動明顯增加；接著是川東百年不遇的大旱，酷熱天氣創記錄，達攝氏45度，守住長江黃金水道的重慶地區八百萬人飲水困難。但當局當局稱這些災難與三峽工程無關。
很多科學家都認為地震和大壩之間是有聯繫的，他們稱其為「水庫引發地震」。中國工程院院士李望平在中國長江三峽工程開發總公司網站上發表的報告顯示，這個地區在2006年9月蓄水水位提高後的七個月裡，有記錄的小型地震多達822次。三峽大壩為混凝土重力壩，大壩壩頂總長3,035米，壩高185米，設計正常蓄水水位枯水期為l75米。總庫容393億立方米，其中防洪庫容221.5億立方米。2008年三峽水庫首次175米試驗性蓄水時，曾導致重慶市大量橋樑、道路被淹，並誘發大量滑坡等地質災害，直接經濟損失約21億元。2009年三峽工程完工後，2010年3月原三峽公司總經理陸佑楣在接受《瞭望》雜誌採訪時表示，希望來場大洪水，檢驗一下三峽工程。2010年7月中旬，長江流域出現了1998年以來的最大洪水。這場洪水過程檢驗了三峽工程的防洪效益。王維洛的結論是：縱有三峽工程，長江洪水依然呈凶狂。三峽工程沒有達到工程目標，防洪效益被誇大。
王維洛表示，三峽工程防洪效益低的原因是防洪庫容太小。三峽水庫的防洪庫容為221億立方米，是錯誤計算的結果。當局御用專家張光斗在給國務院的信中，也談到防洪庫容計算錯誤的問題。只是決策者不願把錯誤公布於眾。王維洛還表示，1981年四川、重慶洪水時，洪峰比這次洪峰更大，但並沒有導致長江中游沙市或者武漢的洪災。這是因為長江三峽河段本身有很大的自然調蓄洪能力，能夠吸納上游洪水。由於三峽工程的建設，減去消失起碼102億立方米自然河流的蓄洪能力，淨增加只有119億立方米的防洪庫容。
2011年3月，位於江西省北部、長江南岸的中國最大淡水湖鄱陽湖出現乾旱，處於歷史同期的最枯水位。5月以來，長江流域多省遭遇數年來最嚴重乾旱。長江枯萎水位太低，航道變窄；兩湖洞庭湖和鄱陽湖萎縮成溝。一時間民怨鼎沸，三峽工程再次陷入激烈爭議。
洞庭湖水體銳減，比歷年同期平均面積偏小六成，濕地生態受到嚴重影響。而在鄱陽湖南磯濕地國家級自然保護區，5000多畝水面只剩下1000多畝，鄱陽湖濕地9個子湖中已有8個乾涸。原本一望無際的湖面變成大草原。大面積水生植物面臨滅頂之災，位於鄱陽湖的大湖池是每年越冬候鳥棲息的核心地區。鄱陽湖周邊的農田都是乾枯的狀態。湖裡的死魚隨處可見，5月20日，湖底裂痕10公分以上，魚類、蚌類、植物大面積死亡，湖底可以行駛汽車。
三峽大壩也進一步威脅著長江瀕危魚類的種群繁殖。長江生態系統也在不斷退化，物種減少、國寶白鱀豚難覓蹤跡，長江鰣魚不見多年，中華鱘、白鱘數量急劇減少。長江流域天然捕撈產量從1954年42.7萬噸下降到90年代的10萬噸左右。美國密歇根州立大學生態學家和中國科學院客座教授劉建國在廣泛研究了中國的生態多樣性後指出，由水庫蓄水所形成的洪水威脅著這些物種超過400處以上的棲息地。
在被大旱籠罩的長江中下游，遭遇劫難的還有素有魚米之鄉之稱的洪湖，世代以湖為生的漁民遭遇最嚴重的生活危機。而洪湖所在素有「千湖之省」美譽的湖北，該省民政廳的通報稱，全省有千餘座水庫水位跌至「死水位」以下，水庫有效蓄水基本用完。民眾稱，當時武漢溫度35攝氏度以上，湖北大旱已屬50年一遇。三峽工程上馬論證時，有說建成後可成為一個調節氣候的大空調。但似乎反了：冬天吹冷風，夏季來熱氣。乾旱時水庫蓄水，大澇中開閘泄洪。重慶人說，山城從來無洪澇之虞，但近年屢屢水漫主城，水深火熱。
更嚴重的是，「三峽工程建成後，長江防洪形勢依然嚴峻。長江干流水質局部污染嚴重，整體呈惡化趨勢」，中科院南京地理和湖泊研究所、長江水利委員會和世界自然基金會的《長江保護與發展報告》顯示。報告說，長江干流存在岸邊污染帶累計達600多公里，岷江、沱江、湘江、黃浦江等支流污染嚴重，超過40%的省界斷面水體劣於Ⅲ類水標準，90%以上的湖泊呈不同程度的負營養化狀態。此外，目前三峽水庫中的泥沙淤積量約為19億噸，長江的水流量尚有能力將這些泥沙帶入大海。隨著時間的延長，三峽水庫中泥沙淤積量將累積增加。王維洛表示，當三峽工程運行30年後，在論證報告上簽字的專家也不敢保證重慶港不被泥沙淤積。到那時，泥沙淤積量超過40億噸，長江水無法將那麼多泥沙帶入大海，而是堵塞中下游河道，迫使河流改道。
2011年5月20日趙世龍為他四年前的博文《告訴你一個真實的三峽》所作補記表示，三峽成庫後，已經多次出現了逆調節現象。2010年全流域洪水，三峽水庫只能頂三天左右，就不得不大開閘門泄漏洪。三峽總公司只會首先考慮自己大壩和電廠安全——旱季缺水它要關攔強蓄不願加大流量下泄、洪季它要降低水位（預留庫容防洪）加大泄流。所謂旱季蓄水，下游幹得見底；雨季泄洪，下面沖得七葷八素。王維洛的文章也指出，三峽大壩的幾個功能矛盾也非常深刻，顧及發電就顧及不了防旱，顧及大壩安全就顧及不了下游防洪，所以長江水利委員會和三峽建設總公司矛盾重重，互相打架，大旱大澇臨頭，誰也顧不了誰。
大陸水利專家明確指出，禍端出自三峽大壩——為了發電、為了經濟利益，逆向調節長江中下游的水流量等。而發電的負效應是藻類大爆發，漂浮垃圾堆積成島等。當局水利部某司的一名官員對大紀元表示，進入三峽總公司的水就是錢，它要用水發電，這是三峽工程的主要功效。但三峽工程並無當局國務院所稱的什麼防洪、發電、航運等綜合效益，真正實現的只有發電。
王維洛表示，目前三峽總公司每年發電的收入為200多億元。到2010年僅中國百姓從電費中繳納的三峽基金（包括其後續基金）已經達到1100億元人民幣，超過三峽工程總投資的一半以上。但是三峽工程的發電利潤並不屬於中國老百姓。三峽工程的所有水輪發電機已經被私有化，全部發電利潤屬於一個股份公司。三峽工程的一些決策者、中央部委和地方的一些官員以及主要工程技術人員則是這個股份公司的原始股持有者。他分析，國務院把三峽工程的一些問題擺到台面上的原因是「要錢」。要完成規劃的目標，需要的投資或為1700億元，或為3000億元。這筆錢由誰來出？中國政府不會用三峽工程的發電利潤來支付三峽後續工作的投資——這樣會侵害利益集團的權益。因此，由老百姓繼續為三峽工程帶來的不利影響買單；承認不利影響，為的是收錢有名。
御用專家們宣稱「三峽大壩的防洪功能是第一位的，可以一勞永逸地解決長江洪水的威脅」。它是「具有防洪、發電、航運、生態補水等綜合效益的巨型水利樞紐工程」，這些牛皮一一吹破。
從「和三峽工程無關」到有條件地承認一些不利影響，這絕不是當局承認了建造三峽工程是錯誤的決策。國務院並未指出三峽工程產生問題的原因是什麼，問題的後果是什麼，誰應該對此承擔責任。大陸網民強烈要求把黃萬里教授當年反對在長江三峽造水庫的報告在網上公布，並組織和邀請國際一流水利專家來中國大陸調查和討論。同時，大陸掀起一場回顧三峽大壩從論證、通過到建成的「問責」風潮。網路上也不斷有博文揭示三峽工程建造過程中的歷史片斷。
作家戴晴的文章寫到，中科院與工程院雙院士張光鬥，是三峽工程上最為當局所倚重的專家。談到防洪他說：「或許你知道三峽大壩的防洪能力比我們對外宣稱的要低……但是，我們只能以降低蓄洪量到135公尺來解決這個問題，即使這會影響長江江面的正常航行。但記住，我們永遠、絕不能讓大眾知道這點。」……
遺憾的是，網際網路的神威已經讓越來越多的國人知道了越來越多的真相。
現在三峽工程，就像是一個被摁住的火藥桶！
