擊斃本拉登的行動造成了美國和巴基斯坦之間的關係緊張，但這可能只是暫時的。更值得關注的是，在內政方面，巴基斯坦軍方的影響在減弱。
本拉登被擊斃給美巴關係帶來了一場深刻的危機。但更為巨大的是該事件對巴基斯坦內政造成的影響。巴基斯坦軍情部門多年來稱本拉登不在該國際境內，但事實證明正相反。這使有關官員大丟面子。此外伊斯蘭堡的文職政府不得不看到，無所不能的軍情部門，或至少其領導層的一部分對本拉登的下落是知情的。
巴基斯坦前司法部長哈伊德（IqbalHaider）認為：「毫無疑問，本拉登就隱藏在巴基斯坦，而且這個國家的至少一部分政治精英在保護極端分子。沒有這種庇護本拉登不可能生存下來。」
華盛頓在對本拉登採取行動之前對巴基斯坦總統扎爾達裡和軍方都沒有透露風聲，這對於伊斯蘭堡政府來說是個奇恥大辱，也第一次讓人們對軍方產生懷疑，巴基斯坦軍隊被認為是該國唯一運作有效的機構。
自由派發聲
卡拉奇的政治研究學者托希德（OwaisTohid）認為，本拉登被擊斃和該事件造成的美巴關係危機使得巴基斯坦的內部政治發生了微妙的變化。「在巴基斯坦找到本拉登使得美國有可能向伊斯蘭堡施加壓力，巴政府對待極端分子的政策也受到指責，這在此前還沒有過。」
雖然自由派政治家在巴基斯坦還是少數，但他們發出了自己的聲音。屬於自由派的哈伊德說：「我們拒絕宗教狂熱分子，但這些人在高層有支持者。在穆沙拉夫治下結成黨派聯盟的極端力量現在又組成了'保衛巴基斯坦理事會'。他們得到阿拉伯國家的資助，有數十億盧比的資金。這些勢力支持塔利班，他們不譴責自殺式襲擊。」
去年１１月，由於「溝通失誤」，２４名巴基斯坦士兵在靠近阿富汗邊境的地區被美軍打死。這使兩國關係再次跌入低谷。托希德指出：「這對美巴關係的損害比本拉登事件更嚴重。」巴基斯坦政府因此抵制了在波恩舉行的援助阿富汗國際會議，並對北約運輸車隊關閉了通往阿富汗的邊境通道。
不同一般的議會辯論
但巴基斯坦和美國仍然相互依賴對方。巴基斯坦需要美國在民事和軍事上的資金援助，美國為了打擊塔利班、穩定阿富汗局勢以實現有序撤軍，也需要巴基斯坦的合作。
巴基斯坦外長希娜
但巴基斯坦的內政已發生了一些根本的變化。外交部長希娜（Hina Rabbani Khar）不久前表示，美巴關係危機削弱了傳統上軍隊對巴基斯坦外交和安全政策的影響。她舉出了巴基斯坦與印度的關係得到改善，以及巴基斯坦議會就巴美關係討論的例子。後者是個新現象，此前巴美雙邊關係這個議題是軍方把持的。
議員們討論的結果是，如果美國停止使用無人駕駛機轟炸巴境內目標，並為誤襲巴基斯坦士兵道歉，就可以重新為北約補給運輸開放通道。這或許只是一廂情願，但議會就此討論，以及外長公開談論這一事實，就表明自從本拉登被消滅以來，巴基斯坦的許多方面在發生變化。
