最高檢特偵組偵辦國安秘帳案，未採取「就訊」的禮遇方式，傳訊李登輝到特偵組說明。李應訊三個小時，對檢方提問大都以「不清楚」、「不記得」、「不知道」三不政策回應，甚至說他和劉泰英「不太熟」。
李登輝卸任總統後，曾因總統任內密使案、宋楚瑜興票案、國務機要費案、拉法葉案，多次在臺綜院、大溪鴻喜或翠山莊接受檢察官訊問；這是因為檢方對卸任總統的尊敬，而且李登輝都是「證人」身份。
興票案重啟調查後，李登輝主動要求親赴臺北地檢署作證。法院審理劉泰英的新瑞都案及國安局前會計長徐炳強案，兩度傳喚李登輝到庭作證。但今年五月卅一日下午，李登輝首度以「被告」身份，由律師顧立雄陪同赴特偵組應訊。
郭永發、張進豐及林豐文三位檢察官聯合偵訊，準備上百個問題。李登輝雖然侃侃而談，卻是「實問虛答」；針對檢方提問的案情部分，李登輝往往以時間過久，不記得或不清楚回答。
檢方為了協助李登輝記起來，提示證物包括國安局已故前局長殷宗文當年面呈總統的大簽，有關奉天專案基金庫存明細表等，上面還有李登輝的簽名；李登輝也只淡淡地說：「上面有我的簽名，我應該有看過，但時間太久，已經不記得了。」
李登輝身為臺綜院榮譽董事長，卸任後還在臺綜院辦公，但對於劉泰英與殷宗文等人將國安秘帳的錢挪用購買臺綜院辦公處所等過程，他辯稱這是國家依卸任總統禮遇條例所作的，相關過程是部屬執行，如何購買、用那些錢買，他都不知情。
更讓檢方跌破眼鏡的是，劉泰英證稱當初是向李登輝報告、經他同意，才規畫設立臺綜院，擬作為他卸任總統的辦公處所；但李卻一度說出「我跟劉泰英不太熟」。
國安秘帳爆發後，劉泰英、殷宗文與徐炳強赴大溪鴻喜山莊和李登輝密商補正公文，但李否認知情，且說，「他們是分別來找我，我當下拒絕，因為補正公文是偽造文書，我怎麼能簽？」於是由徐、殷、劉共同簽名寫下備忘錄載明秘帳流向等內容。但檢方認為，李的反應有違常理，若李不知情，應該當場跳腳，而非不願簽名，所以不採信他不知情的說法。
