中藥和西藥重要的一個區別是中藥取材於自然界，而西藥則需要經過化學提純。取材於自然界的中藥品類眾多，各種藥材的搭配，各種性味的組合，各種炮製方法的不同，季節、產地、花葉根莖的不同，使得研究中藥如同研究歷史、研究人物、研究社會一樣，具有強烈的辯證性，有著追求真理的意味，這就是古人所說的「彌綸天地之道」。宋以後，有不少讀書人開始研究中醫、中藥，一個原因就是認為醫道與天道相通，一些醫家也提出了「醫非小道」。當然，最重要的是它是天然的，還很便宜，很受老百姓的歡迎。過去，一般人都能知道幾味有效的中藥單方，在偏僻的地區，人們也口耳相傳著一些草藥知識。歐洲在十九世紀以前，主要應用的也是天然植物藥物。西藥則不同，它是現代物理、化學、生物等發展之後的產物，其思維方式是對抗性治療，故要經過高溫高壓加上催化劑的作用，從礦物、動植物裡提取有效成分，性質單一而猛烈，毒副作用大。一味西藥，不管是北京的還是紐約的，藥性和效果沒有兩樣。而開發一種西藥動則上億美元，使得看病吃藥越來越成為有錢人的事情。
自然比起一些科學家來，似乎更懂得怎樣養護人體，它那成分複雜的性味保證了人體中的多種需要。如果人們能比較一下各種水果裡邊的甜和人工提取之後的糖的甜，就能發覺人工的甜只有味覺功能，而各種水果裡邊的甜則蘊含著人體需要的多種營養成分。所以中國人認為食物就是藥物，藥食不分家，重保養，重整體。回憶小時候為了預防傳染病而喝的麻籐湯，濃濃的清香之下，藏著一股暗甜，把熬煮過的根塊一絲絲的撕下，放到嘴裡慢慢咀嚼，也是一樁美味。還有一些草藥單方也很有效，我記得專長在山石旁的一種小葉片，背陽的一面有層金黃色毛茸茸的細粉，把它刮下來，止血的效果奇佳。
科學背景下的西醫，不具備傳統的思維方式，理解不了中醫中藥，認為中藥沒有特效，把中藥當成保健品，外國人不瞭解中國的文化，無可厚非。但作為國內的一些專家們，也走上了中藥西藥化的道路，對黃芪、麻黃等中藥進行提純。老中醫們舉例說指出其弊：比如說麻黃，我國古方多用以發汗，用以治喘，富含二十多種生物鹼，對高血壓病人是適用的，但是西醫經過提純的麻黃素，只有一兩種生物鹼，對高血壓病人就不適用了。黃芪是中醫學常用的補氣良藥，西藥的研究方法對黃芪的藥理進行研究，經過化學提純、結構分析、提取物動物實驗等，最後結論是黃芪有降血壓作用。結果幾斤甚至幾十斤黃芪提取物的降血壓作用，還不如一片西藥胍乙腚見效快。所以研究只能得到如下結論：黃芪毫無用處。被稱為中藥現代化研究的典範之作的「青蒿素」，已不具備中藥的性能，不能參與中藥處方的配伍，也不再是中藥。
莊子說：「其分也，成也；其成也，毀也。」中藥裡滲透了中國文化的玄機，與文化息息相關，像「陰陽平衡」、「天生一病，必生一藥除之」、讀書作畫「無非是藥」等思想，強調的是人與自然整體的和諧，回歸人的本真狀態。科學把整體還原為部分，強調「分」，破壞整體生命的活潑生機，病人如同實驗室裡的顯微鏡下的一個細胞，科學的價值成就了，生命的神聖感失去了，可謂「其成也，毀也」。
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