新華社報導稱，審計中發現的主要問題是，中央政府投資管理中，未下達投資計畫結轉下年國債投資；有的補助地方投資項目還存在計畫安排過細，不利於更好地發揮中央政府投資效益的問題；有的部分專項投資存在內容交叉，資金多頭審批安排的現象。個別項目預算執行和部分專項經費管理不夠規範；預算未細化到具體單位和項目；預算項目執行不及時；有些項目未按進度申報預算，財政資金閑置；未將國有資產收益納入預算管理。
另外，一些單位存在歷年結余資金未及時安排使用，虛列外事經費，自行處置資產，形成賬外資金，擠佔、挪用、截留財政專項資金，挪用科研專用基金，轉移財政項目資金，未按規定許可權批復基建項目等問題。
審計報告顯示，2000年2月，國家體育總局用2787.4萬元彩票公益金在該中心建立奧運爭光和全民健身專項基金，基金的使用權屬於國家體育總局。當年，該中心未經批准，將上述資金用於股票投資，截至2005年底尚未收回。上述做法，不符合財政部《彩票發行與銷售機構財務管理辦法》關於「彩票公益金和發行經費按收支兩條線原則進行管理，專款專用」的規定。
2002年2月至2003年12月，發展改革委所屬中國機電設備招標中心未經批准，使用由其投資興辦的中招國際招標公司出資的958.87萬元為本中心職工購置商品房14套。上述做法，不符合財政部《關於企業住房制度改革中有關財務處理問題的補充通知》關於「實行住房分配貨幣化後……企業不得再為修建、購置職工住房提供資金」的規定。
2002年5月至2005年6月，全國大學英語四、六級考試委員會集中各考點上交的考試費2.34億元，已上繳財政專戶1.86億元，應繳未繳 4771.45萬元。上述做法，不符合國務院《關於加強預算外資金管理的決定》關於「部門和單位的預算外收入必須上繳同級財政專戶，……實行收支兩條線管理」的規定。
2000至2004年，北京鐵路局將所屬西山療養院改造工程拆分立項，在未經原國家計委和鐵道部審批的情況下，動用更新改造資金6524萬元、公益金 9829萬元，建成集住宿、餐飲及娛樂為一體的別墅式酒店，並於2003年2月以北京西山翠源山莊有限責任公司名義對外營業。
上述做法，不符合原國家計委《關於重申嚴格執行基本建設程序和審批規定》關於「任何部門、地方和企業……不得採取'化整為零’等方式逃避上級主管部門的審批管理」和鐵道部《鐵路運輸設備更新改造計畫管理辦法》關於「嚴禁用更新改造資金建設樓堂館所」，以及財政部《關於加強國有企業財務監督若干問題的規定》關於「企業提取的公益金應主要用於企業集體福利設施建設」的規定
2002至2005年，中國國土資源航空物探遙感中心未按規定編製某專項經費預算，多申報並獲得財政資金3939.64萬元；2003至2004年，信息中心重複申報項目預算，多獲得財政資金656萬元；2003至2005年，中國地質調查局發展研究中心和中國地質環境監測院多編報人員工作量，多列預算 858.71萬元。
從2001年10月至審計時，國家人事部將外交部匯入的臨時國際職員上繳收入160.86萬元一直在「其他應付款」科目挂賬，未按比例上繳財政。截至2005年底，人事部本級管理的6515.37萬元財政週轉金未按規定清理。
2004年6月，交通部批復由北京市自籌資金改建110國道。2005年10月，發展改革委核准該項目由北京國投公路建設發展有限公司出資及申請國內銀行貸款解決建設資金問題。在此情況下，2004至2005年，交通部又將3800萬元交通專項建設資金撥付到北京市交通委員會用於補助該項目建設。2001 至2005年，交通部在安排西部科技項目經費9.68億元時，其中的管理費1637萬元，佔項目經費總額的1.69％，超過規定多安排668.86萬元。
北京市交通委員會滯留3.08億元交通專項建設資金。2000至2001年，北京市交通委員會採取虛列基建支出的方式，將交通專項建設資金（車輛購置附加費）3.08億元滯留在委本級，並違規用其中1.06億元核銷原所屬企業的借款。
截至2005年底，衛生部本級累計閑置衛生專項資金2.84億元，中國疾病預防控制中心閑置2003至2005年衛生專項項目資金3.28億元，不符合規定。2004年，衛生部未報經財政部批准，同意中國疾病預防控制中心調整正在執行的防治防疫項目預算6813萬元。中國醫學科學院及所屬單位對外投資， 3567.48萬元資產面臨損失。
2005年，海關總署在編報總署機關經費預算時，以綜合樓物業管理費的名義編列支出預算500萬元，實際是用於總署機關服務局所屬鑫海錦江酒店的開辦費支出。海關總署科技發展司工作人員違規取得利益共141.48萬元。海關總署物資裝備採購中心變相挪用財政資金132.02萬元用於出國考察。
在2005年度預算中編列預算外資金支出2.19億元，用於補助非所屬單位。其中1.72億元作為扶貧資金用於補助地方，4050萬元用於補助非所屬教育院校。2005年度，國家電影事業發展專項資金管理委員會辦公室在規定的支出範圍外，使用國家電影事業發展專項資金4437萬元。
國家林業局私存私放賬外資金3519.63萬元，國有資產1696.5萬元面臨損失。用賬外資金120萬元為職工個人支付投資款。違規套取財政貼息資金 45萬元。挪用國家造林項目還貸準備金5.67億元。所屬單位將林業項目貼息貸款、造林週轉金借給所辦實體，國有資產1005萬元損失和存在損失風險。
截至2004年底，新華社本級住房改革支出累計結余1.4億元，未納入預算安排使用。2002至2005年，新華社河北分社、中國圖片社有關人員在圖像採集工作中，未按規定將收入1084萬元納入單位賬內核算，而是以個人名義開立5個存款賬戶存儲。
中國科學院2005年度，有預算資金19.46億元未細化到具體項目和單位。所屬生態環境研究中心參股的北京中科膜技術有限公司轉移挪用高技術產業發展項目資金600萬元。所屬工程熱物理等5個研究所少結轉收入1979.27萬元。所屬微電子等7個研究所擠佔科研經費1120.12萬元。
國家郵政局郵政儲匯局未經銀監會批准，分別於2004年3月和5月運用郵政儲蓄資金向某基金管理有限公司認購南方現金增利基金10億元和南方避險增值基金 10億元（於當年12月底贖回）。1999至2005年底，中郵國際郵政諮詢有限公司截留翻譯收入、外事服務收入等90.54萬元存入個人儲蓄存摺，目前已支出88.45萬元，用於發放職工獎金、過節費等。
文化部自1996年起，文化市場發展中心受文化部委託，在未報經有關部門審核批准的情況下，向音像企業收取音像製品統一防偽標識費用，截至2005年底，累計收費1.08億元，支出8842萬元，結余2013萬元。(文章僅代表作者個人立場和觀點)
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