兩岸分裂的根源─兩岸分裂的原因不是中共所宣傳的台獨
明居正認為造成兩岸分裂的根本原因是意識形態。簡單說就是共產主義與三民主義或共產主義與資本主義的差別。自中共49年奪取大陸政權後，兩岸分別走上共產主義與三民主義的不同道路，所以使得兩岸分裂的原因並不是中共現在所宣傳的台獨原因，而是雙方對於如何使國家富強現代化所設想的道路不一樣造成的。明白這個才能擺脫中共這麼多年的宣傳給大家製造出來的認識。
藍綠之爭要適可而止，藍綠都有一個共同的敵人
同時對於臺灣的藍、綠之爭，明居正提醒藍、綠人士：遊戲規則最重要。泛綠的朋友在覺得遊戲規則對自己有利時不能將規則改變得對自己更有利，因為如果無人制衡，其所作所為很有可能變成過去的國民黨。而且無論藍、綠都有一個共同的敵人，因為有一個人，既不喜歡藍也不喜歡綠，而且比你大很多倍，一直在等待藍、綠互相廝殺，殺到不可開交時，它來揀現成的。
大陸朋友要珍惜臺灣的民主
對於大陸方面，明居正表示：臺灣經驗是中國人或一支華人在中國人自己的土地上用了中國人自己的辦法所建造出來的經驗。經濟上非常成功，政治上有很大的突破。若輕易的被用台獨名義打掉，第一，民主的果實在中國會很難生長，第二，臺灣人永遠不會心服，強擰的瓜是不甜的，而且會大大推遲大陸將來民主化的可能性。所以從各個角度看，接受臺灣的民主政治，接受臺灣的民主經驗，從中學到更多東西的話對大家都有好處。
獨立意識在臺灣不是主流
對於大家擔心臺灣內部台獨人士是不是很多？明居正明確回答：不會。因為從民意分布和投票行為上分析，台獨意識在臺灣並不是主流而且在變動。在過去幾年中在臺灣明確贊成台獨的比例大概在20%上下，而且這個數字是變數，不是定量。而使台獨比例變動的因素包括：一，兩岸發生非常大概模衝突、緊張時會變動，例如千島湖事件，使台獨比例由20%衝到37%--38%，但三個月後又回落到20%上下；95年─96年中共飛彈威脅時又使台獨比例上升了38%--40%。後來回落後停在25%--28%，所以現在台獨的比例可以說停留在25%。
明居正還特別提醒大陸人士，在八九六四事件時，臺灣很多老百姓是哭著去支持大陸民運，在中正紀念堂的集會連續多天，當天安門廣場前的連線電話打到中正紀念堂前時，掌聲雷動。這說明在此情況下，臺灣人的大中國意識的心態是高漲的，但當中共鎮壓流血時，許多人害怕，又退縮回去了。
當大陸政治、經濟方面發生本質變化時，台獨比例會大幅下降明居正教授通過在台大十幾年的教書經驗和親身的民意調查得出結論，大陸如果發生本質變化的時候，在政治、經濟等方面真正脫胎換骨的話，那麼台獨的比例會大幅下降。
為甚麼今天臺灣人要離開？
明居正教授表示，可能大陸的朋友們忽略了一點，為甚麼在六四時有那麼多不分省籍的人在中正紀念堂前為六四的群眾和民運人士喝采，聲援他們呢？因為在那一剎那，他們的中國情懷全部浮現，在臺灣的人同樣有大中國的夢想，同樣想分享炎黃子孫的榮耀，當中國人在奧運會上奪得第一枚金牌的時候，有多少人在那裡流眼淚，而且是不分省籍，那為甚麼今天他們要離開？說句不好聽的話，他們今天要離開與大家今天要離開中國有多大差異？我們追求的不是一個更好的生活嗎？只是他們用了一種更政治的方法，更集體的方式來表達，這畢竟是一種選擇，這種選擇反映了他們對某種體系的喜好。
中共看錯問題開錯藥方，繼續玩弄民族主義
明居正教授認為「反分裂法」不但不能阻止分裂，而且可能刺激分裂。「反分裂法」讓大家看到，中共不但沒有從過去的錯誤中學到教訓，它繼續玩弄煽動民族主義，繼續挑動群眾鬥群眾，不同的是這次是隔海挑動，用的口號是「民族主義」，變得更加有力。這是一個很可怕的結論。中共如果沒有看到問題所在，繼續用這種手段解決問題的話，問題解決不了。但如果中共能夠好好洗心革面，好好把自己改造成「共和黨」、「民主黨」，而不是共產黨的話，中國很快會統一，何必向外去求？
退一步講，如果中共今天還不能做到這一步，但會在經濟、政治方面，虛心地向臺灣學習，請臺灣來教一教，幫一幫，如果真能實現的話，臺灣還有多少人會台獨？但你不放棄共產主義要別人和你統一，那誰會願意？在此情形下，如果大陸還不能拿出更好的策略，還只是拿出「反分裂法」的話，馬上看到的結果就是直接刺激台獨，直接刺激兩岸關係，而且會直接刺激到美國。
明居正還認為，在中國的民主及政治有許多不確定的情形下，不能怪有那麼多臺灣人現在不去選擇統一。如果中共還是一味採取不斷壓迫，不斷玩弄權術封殺臺灣的手法，那麼台獨的思想就有可能形成主流，到那時台獨就真正擋不住了。所以要阻止ǘ潰
