春秋末年，吳王夫差北上爭霸，於公元前486年筑邗城（今揚州市），開通邦溝。最初南端自長江引水北流，向北繞經一系列湖泊，以較短的人工渠道相連接，航道彎曲，到末日入淮河。東晉南北朝時，由於自然條件的變化，江水已不能引入運河，於上游開支河從今儀徵引江水通航，並在運河口建堰埭、水門節水，河上亦建有多處堰埭。隋代兩次重開此河，成為南北大運河中的重要一段。唐代，長江中的沙洲擴大，並與北岸相連。
開元二十二年（734），在揚子鎮以南接開伊婁河，經瓜洲入江。從此，瓜洲運口與儀征運口井用。北宋，在鄧溝上建有數十處閘、壩、涵、達等建築物，並且出現了世界上最早的船閘─復閘。元代開京杭運河，邗溝成為其中的一段，南口在瓜洲和儀征，北口仍在淮安北。
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