至於他在2008年前將推動的憲政改造，阿扁說，不會涉及國家主權及統獨議題。
陳水扁在典禮上，發表了近一小時的就職演說。其中後半段幾乎都涉及兩岸關係。
陳水扁說，"臺灣人民愛好和平，我們絕對比任何人更關心自己的國家安全，面對海峽對岸持續增加的武力威脅，朝野全民應該凝聚堅強的國防意識，積極強化有效的防備，提升自我防衛的能力，也盼望國際社會繼續關注並協助維護台海的和平與亞太地區的穩定"。
除向國際社會喊話，陳水扁也向大陸當局喊話。他說，海峽兩岸新世紀的領導人，為了創造人民最大的福祉，應該以全新的思維和格局，共同來面對和處理兩岸未來的問題。
陳水扁表示，兩岸人民曾經擁有共同的血緣、文化和歷史背景，過去一個世紀以來也都遭逢強權的欺凌和專制的統治，如今，兩岸人民都有站起來當家作主的堅強意願，這一點應該能夠獲得彼此充分的理解。
陳水扁說，"我們可以體會海峽對岸源於歷史情結與民族情感，無法放棄對於一個中國原則的堅持，相對的，北京當局也應該要充分瞭解，臺灣人民要民主、愛和平、求生存、求發展的堅定信念"。
他進一步表示，如果兩岸之間能夠本於善意，共同營造一個"和平發展、自由選擇"的環境，未來中華民國與中華人民共和國，或者臺灣與中國之間，將發展任何形式的關係，只要2300萬臺灣人民同意，他們都不排除。
陳水扁並指出，未來臺灣會在既有的基礎之上，持續放寬並且擴大兩岸新聞、信息、教育、文化、經貿交流的相關措施，推動兩岸恢復對話與溝通的管道，拉近彼此的距離，建立互信的基礎。
他說，"唯有兩岸致力於建設與發展，協商建立一個動態的和平穩定互動架構，共同確保台海的現狀不被片面改變，並且進一步推動包括三通在內的文化經貿往來，才能符合兩岸人民的福祉與國際社會的期待"。
陳水扁並表示，個人願意在此重申，公元2000年520就職演說所揭櫫的原則和承諾，過去四年沒有改變，未來四年也不會改變，在此基礎之上，阿扁將進一步邀集朝野政黨及社會各界共同參與，成立"兩岸和平發展委員會"，凝聚朝野的智慧與全民的共識，擬定"兩岸和平發展綱領"，共同策進兩岸和平穩定、永續發展的新關係。
關於這點，臺灣輿論大多認為，陳水扁是巧妙避開了"四不一沒有"的敏感問題，製造了模糊空間。因為他2000年520就職演說時即提出了"四不一沒有"承諾，而近來獨派人士公開要求他既已連任，就別再提"四不"；但美方及臺灣部分人士都希望他能重申"四不"，以穩定兩岸。
換句話說，陳水扁這次的就職演說，可說是既沒"說出"四不一沒有，又"重申"了四不一沒有。
至於催生臺灣新憲法問題，陳水扁也巧妙的將其定位成臺灣"憲政改造工程"。他在演說中表示，憲政改造的工程是為了政府的良好管理及效能的提升、為了確立民主法治的根基，更是為了國家的長治久安，其中，立即而明顯的問題包括：三權分立或五權憲法、總統制或內閣制、總統選制為相對多數或絕對多數、國會改革及相關的配套條文、兵役制度的調整等。
陳水扁並指出，"涉及國家主權、領土及統獨的議題，目前在臺灣社會尚未形成絕大多數的共識，所以個人明確的建議這些議題不宜在此次憲改的範圍之內"。
他也承諾，將邀請朝野政黨、法界、學界及各領域階層的代表，共同籌組憲政改造委員會，針對憲政改造的範圍及程序，尋求社會最大的共識，並且接受人民及輿論的監督。
他說，希望"在2008年阿扁卸任總統之前，能夠交給臺灣人民及我們的國家一部合時、合身、合用的新憲法"。
就在陳水扁發表就職演說的同時，臺灣反對黨陣營則在國父紀念館（孫逸仙紀念館）舉行群眾集會，國民黨主席連戰向支持者發表演說，持續質疑陳水扁就職總統的合法性與正當性。
陳水扁這次是以2萬多票的些微差距贏過連戰。反對黨陣營針對大選提出的"當選無效"與"選舉無效"訴訟仍在進行。
陳水扁在就職演說中也表示，這一次的總統大選空前的激烈，身為現任的總統，阿扁以最大的誠意表達完全尊重司法的獨立公正，不論結果如何，個人絕對願意坦然接受。
