旨在防止越軌並鼓勵遵從規範的努力就是社會控制。對一個人的越軌行為的社會控制主要有兩種類型：內在控制與外在控制。
內在社會控制指那些引導科學家自我激勵並按遵從的方式行動的過程。對個體科學家來說，需要進行科學方法的培養，科學精神和社會道德的灌輸。對科學共同體而言，要完善科學活動的自我控制機理－－同行評議、論文審查和重複實驗，盡量減少同行評議、論文審查的失誤。
但是，科學活動的自我控制機理不能完全防止越軌行為的產生。首先是同行評議難以把關，因為科學研究是探索性活動，對前沿問題的研究水平和研究質量難以確定；其次，論文審查存在缺陷，原因是審稿的隨機性比較大，稿件的命運與審稿人的個人偏愛有很大關係。第三，重複實驗的侷限性。因為科學進步的動力是創新而不是重複別人的實驗，沒有科學家願意去做別人做過的事。因此，僅僅依靠科學內部的規範機制則難以防範科學家的越軌行為。
在健全科學內部的評價機制的基礎上建立權威的外在社會控制機制就成為必然。外在社會控制則是運用各種正式的和非正式的社會約束來促使科學家在各種外在壓力下遵守科學研究的行為規範。
非正式的社會控制機制用於工作場所，並為那些發生越軌時恰巧在場的人使用，也就是某個科學共同體（科研小組、實驗室）內的人自我互相監督。但是這種非正式控制的效果是有限的，例如懲罰的不確定性與缺乏力度；個人情感、相關社會地位的影響；為了團體情感和團體榮譽，科研小組的團體成員也會保護越軌者（也有例外，例如，當越軌輕易被外部覺察；當越軌者可能迅速被認出屬於本群體時；當群體因為越軌者的行為有受到嚴懲的可能性時。也就是說，當個體科學家的越軌十分明顯或者非常嚴重時，包庇就沒有意義或者需要付出巨大的代價）。
內在控制和非正式的社會控制的控制權都屬於專門職業共同體。科學、醫療、律師等屬於專門職業（英語為Ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎ）的範疇，不同於一般職業（英語為Ｖｏｃａｔｉｏｎ）。默頓和吉倫認為專門職業控制權存在著４個方面制約：評價專門職業服務的標準往往是模棱兩可的；角色表現的相對低水平的透明度；職業同盟或者專業同事間的密切的人際關係的存在；專門職業者包庇那些違反了規範的同行。
因此，科學共同體對嚴重的越軌行為必須採取正式的社會控制機制，產生相應的機構和組織，由專門的人員負責。比如，美國公共衛生局成立了研究廉正室，成員包括生物學家、律師、統計學家，任務就是調查、偵破科研中的弄虛作假、剽竊等違規行為。美國國家科學基金委員會也組建了一個科學偵探室，其調查程序和研究廉正室相差無幾。為了統一協調全國的科學打假工作，美國國會還專門成立了由１２人組成的「研究廉正委員會」，成為防範科研中越軌行為的聯邦機構。
越軌的社會控制的適度性
雖然對越軌的正式控制不可避免，但過分的干預也會造成科學共同體的不滿，因此有必要在科學與社會互動間保持適度的張力。除了科學共同體的努力之外，也要在科學共同體和直接相關的組織如政府、產業界找到減少直接干預的方法，要在科學共同體與社會其他各間接相關的職業群體如司法界、教育界、醫療界、文化界之間找到理解的途徑，要在科學共同體和社會大眾之間找到相互溝通的橋樑，這樣，一方面可以改善科研環境，減輕科學共同體面對社會的壓力，減少科研越軌發生的機會；另一方面可以促進社會對科研活動的基本特徵的真正瞭解，從而制定出預防和處理越軌的合理辦法。
通過減少非正式科學家的數量來縮小科學家隊伍。例如，現在科學家隊伍的擴大除了科學學科分化的原因外，也在於正式科學家雇佣了一大批臨時性助手、博士後研究人員和博士生等非正式編製的科學家，這不僅造成了正式科學家對非正式科學家的依賴和剝奪，也造成了非正式科學家對正式科學家資源的佔用。
減少科學家與商業利益的直接接觸。禁止一些著名科學家利用特殊身份參與商業性活動，比如做廣告、參與產品促銷活動；限制非企業的科研人員尤其是接受政府項目資助的科研機構的科研人員、接受國家自然科學基金資助的科研人員，參與企業的商業活動。
緩解科學家出成果的壓力，尤其在基礎研究方面。例如，對自然科學基金項目可以建立科學家的誠信制度，放開對誠信好的科學家在發表論文的時間和數量上的限制，對其成果免予鑑定。
政府部門、產業界最好不要直接獎勵科學家，把獎勵的權力放給第三方。例如，政府、企業可以設立獎勵基金，建立民間獎勵組織，由相關科學家組成評選委員會，從而避免政府、企業對科研活動的直接干預。
定期舉行有企業界、政府管理、司法機構等人員參加的科研情況通報會，加深相互的溝通瞭解，這樣即使出現了科研越軌，相關部門也能夠及時掌握越軌的基本情況，做出恰如其分的判決。
對於情節嚴重的越軌者，科學共同體要實施類似體育界處理興奮劑事件的行業禁止行為。例如，剽竊論文者在３年內不允許在學術刊物上發表科研論文，偽造數據者在３年內不得在科研單位繼續從事科研。
美國學者布勞德和韋德認為，像經濟活動中起作用的是「無形之手」一樣，科學中起作用的機制是「無形之靴」。它將踢掉科學中所有不正確的、無用的或多餘的數據和從事科學活動中的非理性因素、偏見、人情等，最後使科學獲得客觀的本質。這隻無形之靴就是時間。然而，等待只不過是被動和消極的行為，在科學日益被社會關注和牽連的今天，積極和主動的社會控制是不可或缺的。在尊重科學共同體的內部控制的同時，採取必要的外在社會控制，將有助於減少科研越軌行為，使科學能保持在正常的軌道上運行。
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