主席布拉特已經公開批評了一些邊線裁判的水準，建議改革2006年世界盃的裁判遴選制度。
國際足聯發言人古柏說，「發生了一、兩個重大誤判，是個引人關切的事。」
但另一方面他又稱這是「人為錯誤「，並否認裁判故意偏袒韓國。
在第一輪的小組比賽中，裁判的水準受到普遍的讚譽，但是在第二輪的淘汰賽開始後，批評之聲迭起。
尤其是在世界盃的聯合主辦國之一--韓國參加的兩場比賽中，出現了爭議性的判決。義大利和西班牙都對他們認為的裁判水準不高導致出局而憤憤不平。
義大利最終因韓國的金球被淘汰出8強，他們三場中有5粒進球被判無效，托蒂在同韓國的關鍵比賽中被罰下場被認為是過分嚴厲。
西班牙則在點球階段敗給韓國，而在正常比賽時間內，西班牙有兩粒進球被判無效，重放錄像可以看出，這兩次進球都應該是合法的。
憤怒的西班牙球迷給國際足聯的電子郵件如潮水般湧來，抗議西班牙隊出局不公平。
改革遴選
布拉特在世界盃賽開始後不久就猛烈批評了本屆世界盃的裁判水平。現在，他建議恢復以前的制度，讓三個相同國籍的裁判（主裁判和兩名守在線外的助理裁判）負責同一場比賽，以建立更良好的溝通。
同時，國際足聯也建議只挑選最好的裁判執法，而沒有國籍的限制。
前此國際足聯為了鼓勵世界各國的裁判參與這次盛會，規定每個國家只能派遣一位裁判參加世界盃。
因此，很多世界級的裁判被拒之門外，而一些速度和技術水平不高的裁判反而能在球場上執法。
韓國隊星期二(6月25日)迎戰德國隊，爭取決賽權。但是德國門將說，他對裁判水準問題倒不是很在乎。
他說，「我們可能會遇到一、兩個對我們不利的判決，那很正常。這叫做主場之利。如果發生了(對我們不利的誤判)，我們決不能讓它影響我們的士氣。」
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