對公務員打擊最大的是董建華一意孤行，推行高官問責制。
讓我們先來看看高官問責制到底是什麼？董建華於前年十月的《施政報告》中，已曾宣稱要推行這個行政結構改革，但卻一直諱莫如深。直至今年二月七日，董建華到立法會回答質詢，重申此項改革要在七月一日（即他的第二屆任期開始之日）推行。隨即立法會舉行連串冗長的會議，討論實施的方案，但出席的政府官員在回答議員的查問時，對有關內容仍然說得不清不楚，可見構思還是不成熟的，但卻堅持於七月一日開始實施而不改。
這項改革的主要內容是：在原來政務司司長、財政司司長、律政司司長之下的十三個決策局，改為十一個，並直接向行政長官負責，如決策失誤，須負上政治責任而辭職。這十一個高官一律以合約聘用，任期不超過任用其為部長的行政長官的任期，可由公務員或在公務員以外物色。未被任用為部長的原來決策局局長，改為該部的常務秘書長，須聽命於局長而負責政策的執行。
輿論的批評如下：一、董建華是由小圈子選舉產生，他不必向選民問責，由其任用的部長卻要向市民問責，這只是一句空話。二、他大權獨攬，把本來是公務員之首的政務司司長駕空了，直接管轄全體公務員。三、他藉此清洗港英留下來的高官，引進親中共和財團分子，使特區政府更為聽從北京和財團的意旨。四、由於決策者是這樣的一群，缺乏立場中立的傳統公務員制衡，決策的傾斜和失誤會更為嚴重。
對高級公務員士氣的影響
董建華提出這樣的改革，理據是：一、過去由於負責決策的局長是長俸制的公務員，即使犯了錯誤，也不可撤職。二、他要物色理念相同的人組成內閣，這樣才能提高效率，改善施政（一位身為人大代表和香港基本法委員會委員的北京寵臣，說得更露骨：高級公務員中有一些壞人。這對現任高級公務員的士氣打擊很大。）
首先，把過去幾年的決策失誤，完全歸咎於他們，是公道的嗎？那些重大的失誤有：八萬五的建屋計畫，使地產市場一蹶不振；不檢控胡仙；邀請人大釋法，破壞了香港的司法獨立，頒授紫荊金章給六七年暴動頭子楊光，社會嘩然；不通過正常的投標，把數碼港私相授受：一口氣提出要把香港建成十多個中心，結果一事無成；教育改革越改越亂，教師怨氣衝天；福利機構一筆過撥款，工作人員逆來順受，敢怒而不敢一言；等等。這種種，有哪些不是董建華親自拍板或經其首肯的呢？現在，言下之意卻要高官「損鐘」，他們能服氣嗎？
其次，倘非得到董建華的青睞，現任的高官將不能高升為部長，有礙仕途，而且還要聽命和受管轄於董任用的親信之下。這樣，即使不萌去意，也會採取「做一日和尚敲一日鐘」的心態。
再其次，負責全體公務員的升遷和賞罰的公務員事務局局長，改為十一個向董建華負責的部長之一。這樣，董建華便可以直接插手公務員事務，實無立場中立可言，升遷和賞罰的程序和規例都會受到破壞，助長了看風駛舵和趨炎附勢的風氣。
最後，從公務員以外物色而來的部長，不熟悉政府的運作，倘是親中共或財團分子，不是那一套左傾思維，就是商業思維，與原來公務員的思維相左，難於合作。
政府內部火頭處處
五年來，董建華政府民望低沉，作為他的下屬的整體公務員的心情和士氣也不會好的，現在再受到高官問責制和減薪的衝擊，上、中、下層都同時受到觸動，正面臨分崩離析的局面。
另外，上月廉政專員公署和警隊發生了公開「罵戰」，更屬不尋常的事件。看來，政府內部有處處火頭之勢。
特區政府不是單由董建華和他的幾個親信組成，上、中、下層的公務員才是主體。在他連任五年的交接之際，公務員隊伍中出現了這樣的情況，未來五年的香港，實難使人樂觀。
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