孙思邈之像。（图片来源：公有领域/维基百科)
孙思邈驻世之时曾撰写过大量的著作，如《千金方》三十卷、《福禄论》三十卷、《摄生真箓》、《枕中素书》、《会三教论》各一卷。另外，他还亲自为《老子》和《庄子》作了注解。除此之外，他还显示过不少神奇之事。
昆明池之龙献仙方 孙思邈助其增池水
在唐朝开元年间，有人发现孙思邈隐居在终南山。在他隐居期间，人们获知他与寺庙中的一个姓宣的戒律之师经常来往。因为宣律师常常与孙思邈来往，以向他参学和请益有关佛教宗旨等类的问题。
当时正逢大旱之时，有一个西域的僧人（当时人称胡僧）向皇上请求在昆明池筑坛求雨，当时皇上便下诏让下面去准备香灯。在这期间，池中之水一下子下降了好几尺。
就在这时，有一个老人突然在夜里来到宣律师那里求救。他对宣律师说：“我是昆明池中之龙。现在虽然已经很久没下雨了，不过原因并不是因为我。然而前几天有一个胡僧竟然欺骗天子说为了求雨，要用我的脑子来做药，因此我的命已经危在旦夕了，请和尚用法力救护我。”
宣律师当时就推辞说：“贫僧只是操守戒律罢了，你可以去求孙思邈老先生。”于是老人就来到了孙思邈那里去求救。孙思邈对他说：“我知道昆明池龙宫里有神仙药方三十个，如果能让我看一看，我就救你。”老人说：“这些药方平时上帝是不准随便外传的，不过现在情况紧急，也就丝毫顾不得这些了！”
过了不多一会儿，老人就捧着药方来了。孙思邈接过药方后说：“你天明就回去，不用担心胡僧。”从此池水忽然开始暴涨，没过几天就漫上岸来了。于是胡僧便又羞又怒而死。
后来有一个神仙从天而降，他对孙思邈说：“你所写的《千金方》，其救济世人之功效的确很大，不过用生命之物来做药，残害的生物也太多了，因而你只能成为一个尸解之神仙，却不能做白日飞升之仙了。
另外过去有一位叫桓闿的真人也曾告诉过另一个在修行的医学家陶弘景。他说事情的确是这样，你本来就是知道此事的。
孙思邈听了神仙之语后，便开始一律采用草木做药而从不用虻虫、水蛭等生物，这样就不至于为了制药而大量伤及这些生物之生命。孙思邈后来写出了《千金方翼》三十篇，每一篇中附有一个《龙宫仙方》。后来这些仙方都在世上得以流传。
向皇上求取雄黄 抄录表章失踪影
在安史之乱时，唐玄宗为避乱而向西来到蜀地之后，有一天晚上在梦中看到一个须发皆白的老汉，穿着黄色衣服，再三在面前参拜，然后奏道：“我是孙思邈，在峨嵋山结庐居住多年了。现在听说皇上的銮驾来到成都，我所以等候在这里拜谒。”
唐玄宗回答道：“我熟悉你的名字很久了，现在你不怕道路遥远来到这里，是否有什么所求吗？”孙思邈说：“我隐居在云泉之间，喜欢吃金石之药，听说这个地方出雄黄，希望赐给我八十两。如果能满足我的要求，请派使者到峨嵋山来。”唐玄宗在梦中答应后，心大跳而醒了过来。
于是唐玄宗立即命令侍臣陈忠盛带着八十两雄黄，去峨嵋山赐给孙思邈。陈忠盛奉诏之后来到峨嵋山，在走到屏风岭时，遇见一位容貌俊逸而古朴的老者，身穿黄色衣服立在岭下。老者对陈忠盛说：“你莫非就是天子的使者吗？我就是孙思邈。”
陈忠盛说：“皇上让我把雄黄赐给你。”那老者躬身接受，然后说：“我承蒙天子赐给我雄黄，现在有表章致谢，但这里是山野之居，没有笔墨，请您执笔转抄送进宫中。”陈忠盛立即让官吏拿来笔墨。
老者指着一块石头说：“表章在那块石头上，您可以将其抄录下来。”陈忠盛看到那块石头上果然有一百多个红字，细看之下确实是表章。于是就把那些字抄录了下来。等到写完之后，回过头来再看老者和石头，竟然全都不见了。
于是陈忠盛回去后将这件事详细地奏明唐玄宗。唐玄宗向陈忠盛询问老者的相貌，结果与梦中他所看到的那个老者果然一样，因此不禁感到非常惊奇。在此以后，孙思邈在山中有时隐没，有时显现。
处士游客度有缘 童子喝汤后飞升
到了咸通末年，山下的一户人家有一个十几岁的男孩，他由于不吃荤血而被父母认为他喜欢善行，就让他到白水僧院做了一个童子。有一天忽然有一位自称孙处士的游客在院中游了一周之后，从袖中取出一包汤药碎末交给童子说：“为我像烹茶那样煎好。”煎好之后，处士饮了一些，将剩下的汤汁让童子喝。
童子喝了觉得汤汁的味道极美，希望再给他一碗。
孙处士说：“这药就是专为你而带来的！”于是就把方寸大的一匙药沫再让他煎着吃。童子便走进僧院向同伴们说了这件事。然后再出门一看，那个孙处士已经离去了。而童子突然也乘空飞了起来。众人正在惊异，一看那煎药的锅子已经变成金的了。
在那以后也时常有人在山中见到孙思邈。
