沙瑞金有成为薄熙来的潜质（网络图片）
【看中国2017年4月29日讯】故事发生在第一部结束五年之后。此时汉东省委书记沙瑞金（张丰毅饰）已经成为政治局委员，侯亮平（陆毅饰）则被提拔为副省长兼任公安厅长。沙瑞金的夫人、原本在北京开律师事务所的叶秀金（江珊饰）放弃了北京的事务所，来到汉东省京州市沙瑞金身边，做做家务。
故事一开始，沙瑞金的第二个儿子沙果果（董子健饰）正在申请前往英国牛津大学留学，但学费奇高。叶秀金希望沙瑞金帮助解决，沙瑞金则让儿子自己争取奖学金。叶秀金心中不满，对自己在北京做律师时结识的商人朋友王亮（张嘉译饰）谈起此事，王亮当即表示负责全款。事后沙果果则对父亲表示申请到了奖学金，沙瑞金大为高兴。
与此同时，汉东省正在侯亮平的领导下展开一场打黑风暴，背后则是沙瑞金的大力支持。沙瑞金一手通过打黑和反腐整肃官场，另一方面通过弘扬陈岩石（此时已逝世）等人代表的革命精神重塑红色精神，但此举在全国范围内评价不一。有人在网上发帖揭露沙果果在国外泡夜店、买红色法拉利，借此攻击沙瑞金表里不一。沙瑞金质问沙果果，叶秀金则轻描淡写地安抚。
京州市郊的大龙山突发一起持枪杀人的刑事案件，公安局前往调查，发现此事与当地一家民营企业家庞建华（程煜饰）有关，遂怀疑庞建华有黑社会嫌疑，将其批捕。侯亮平得知后认为这是打黑案件的突破口之一，要求公安机关将其彻查。为获得足够证据，京州市公安局对其使用了严酷的刑求手段。
庞建华不服公安局的手段，利用其妻刘虹（蒋雯丽饰）前来探监的机会，让她到北京请律师为自己辩护。刘虹来到北京，遍求各大律所，无人应声，最后找到以辩护手段狡诈多端闻名的律师张镇（王劲松饰）。张镇来到汉东，随即发现庞建华一案证据存在诸多疑点，自己试图与庞建华接触，却又受到重重阻碍。张镇发动人际关系，与侯亮平私下见面，想为庞建华说话，不料侯亮平指出此案是汉东打黑的标志一案，不可能翻案。张镇当即指责侯亮平及其手下刑讯逼供，侯亮平被激怒，宣称要告张镇诽谤，双方不欢而散。
庞建华一审开庭，张镇在庭上多次攻击公安办案，并搅动网络，引发社会反响强烈。沙瑞金知道后召见侯亮平，指示此案不能让黑社会分子翻了天。侯亮平从庞建华那里强行得到张镇指使其制造伪证的口供，随即开始以涉嫌伪证为由抓捕张镇。张镇逃回北京，找到律所创始人、党内元老之子朱大勇（陈宝国饰），希望朱大勇代为通融其父旧属、中央政法委书记刘长安（倪大红饰）。朱大勇则告诉张镇，此事不可能。原来沙瑞金谋求入常，希望有所作为，已经与刘长安达成共识。
张镇情知难保，将所搜集的证据交给刘虹后被捕入狱，庞建华宣判死缓。侯亮平向沙瑞金汇报，沙瑞金很满意，在家中宴请侯亮平。宴席上叶秀金与侯亮平畅谈法律问题甚欢，二人惺惺相惜。刘虹在外奔走为庞建华翻案，搜集到了沙果果在英国花费的巨大开销，并发现王亮是其资助人，于是铤而走险，携证据钱来要挟王亮。王亮无奈告诉叶秀金，叶秀金大惊，要求其对沙瑞金保密。
叶秀金会见刘虹，刘虹要求叶秀金通过沙瑞金为庞建华雪冤，叶秀金则指出此事不可能，关系到沙瑞金前途。刘虹于是声称，如果不答应她的要求，就会将材料寄给中纪委举报沙瑞金受贿。叶秀金轻蔑地驳斥她的想法，说她是不懂高层政治的愚民，即使材料寄到也不能威胁到沙瑞金。刘虹悲愤离去。
朱大勇南下会见发小沙瑞金，表示自己将为张镇辩护，并提醒沙瑞金注意手下。沙瑞金则称自己一切秉公办事，不默认任何人是坏人，司法程序该走就走。刘虹单独探监见到张镇，透露自己掌握的消息和与叶秀金的谈话，张镇指出举报受贿不能动摇沙瑞金，必须要把他阴谋篡权的事情落实才能办到，让刘虹去找朱大勇。
不料二人谈话被侯亮平部下录下，侯亮平听闻大惊，电话质问叶秀金。叶秀金直接挂了电话，另一边立即约见了刘虹。刘虹先约了朱大勇，后接到叶秀金见面的要求，决定先去见叶秀金。叶秀金假意同意为庞建华通融，在饮用水中下毒将刘虹毒杀，此时正好被前来追问的侯亮平发现。叶秀金向侯亮平摊牌：要么为了打黑大业和沙瑞金的前途守口如瓶，要么大义灭亲毁掉自己的事业。侯亮平无奈将刘虹尸体秘密火化。
另一边，朱大勇等刘虹不到，心中起疑。来到刘虹住处发现大门敞开，在家中反复搜寻后发现马桶水箱下藏有证据副本和前往会见叶秀金的最后手迹。原来刘虹已经料到叶秀金可能痛下杀手，做好了牺牲自己的准备。朱大勇不动声色隐藏了材料，回到北京，找到中办主任诸学工（王志文饰）提到此事，希望他能向最高领导人转达。不料诸学工已经为了自己将来升迁之路提前结好沙瑞金，于是主动给沙瑞金通风报信。
沙瑞金闻知大怒，斥责叶秀金，但叶秀金晓之以理，目前只有一条路才能实现胸怀抱负，即咬定青山不放松，否则就永远不能翻身。沙瑞金思前想后，只好接受既成事实。但侯亮平是他不能放心的知情人，必须将其调离关键职位。于是在次日召开的常委会上，沙瑞金突然提出免去侯亮平公安厅长职务。虽然省长白渡江（徐光明饰）为侯亮平说了两句话，但沙瑞金坚持如此，只得通过。
侯亮平接到调令，先是震惊，后是害怕。他的副省长分管文化，实际上是虚职。当晚，侯亮平前往沙瑞金处面谈，沙瑞金表示调任工作是为了减轻工作压力，不必多想。侯亮平试探提出叶秀金杀人之事，沙瑞金勃然大怒，当即招叶秀金来对质。叶秀金反说是侯亮平为保庞建华案无人追诉杀了刘虹，并说自己是侯亮平请来通融关系的，她反问侯亮平为何拿此事要挟沙瑞金。侯亮平至此知道自己已经落入栽赃圈套，沙瑞金盛怒之下打了侯亮平一耳光。
从沙家出来，侯亮平良心备受煎熬，开始反思自己的反贪和打黑之路，实质上是用一种权力去战胜另一种权力，人民已经成为纸面上的名词。他现在如果坐以待毙，迟早被抓出顶缸；如果检举，考虑到沙瑞金的上层关系也难以自保。思来想去，他决定逃亡。由于机场系统早已被监控，侯亮平悄悄自驾，前往邻省的美国领事馆投诚。
侯亮平叛逃事件震惊中外，政治局连夜开会，沙瑞金在会上力证侯亮平是叛徒，刘长安、诸学工支持。同时，沙瑞金遥控指挥白渡江率领警力连夜赶往邻省，一定要将侯亮平抓获。此时美国内部情报传来，侯亮平揭露了沙瑞金和叶秀金杀人的情况。最高领导（陈道明饰）心生疑窦，决定派汇报美国情报的国安部副部长郝成（冯远征饰）前往谈判，严令必须将侯亮平带回北京，直接了解情况。
郝成与侯亮平摊牌，称自己已经看透侯亮平的底牌，此举并非逃亡，而是自保，并指侯亮平手中定有王牌，才会采取这种行动上达天听。侯亮平承认尸检报告和杀人证据在自己掌握之中，原来他当时早有备份，放在妻子钟小艾（赵子琪饰）处。郝成担保只要侯亮平回到北京，说出真相，最高领导会保他人身安全，但判刑论罪是难以避免的。侯亮平接受条件，但质疑郝成能否将其带回北京。郝成出门与白渡江交涉，白渡江顾全大局，服从中央命令，让郝成将侯亮平带走。
飞机上，被带上了手铐的侯亮平望着中国大地的万家灯火，回顾自己离开北京到重回北京的五年历程，陷入了沉思……
