公元1601年，那时叫万历二十九年，51岁的黄克瓒被任命为山东巡抚。此前4年，他一直是这一方土地的二把手———山东布政使。这天，坐在珍珠泉抚署大堂 上，黄克瓒正给即将赴任沧州的亲友张某写回信，回忆自己步入仕途的经历，他提出了“亲民”的执政理念：“职在亲民，若加意吏治。为民造福，便可垂不朽之 名……千绪万端，总不出清、慎、勤三字。”(《数马集·答张沧州亲丈》)黄克瓒是这样说的，也是这样做的。为了“为民造福”，在任上他甚至不惜多次与当朝天子直接叫板。
万历亲政以后，内廷靡费剧增，国库日渐拮据，加上“万历三大征”费银1300余万两，乾清宫、皇极殿、建极殿、中极殿相继发生火灾急需修复，黄河又多处决口、河工方兴，面对种种财政困境，万历皇帝想到以开采矿藏、增加税收的办法来弥补财政赤字。矿税太监，正是在这种 情况下应运而生。矿税太监假借圣命，每到一处便横征暴敛，肆虐百姓，贪赃枉法，自然激起一片民怨沸腾。万历的这种弊政，理所当然也使一些省部级高官产生了抵触情绪。他们纷纷上疏，请停矿税。山东巡抚黄克瓒，就是其中之一。《明史》称赞他：“请停矿税，论劾税使陈增、马堂。他惠政甚著。”
万历二十七年(1599年)四月二十四日，山东临清发生了抵制矿税的“民变”。根据明朱国桢《涌幢小品》卷九《王葛仗义》记载，矿税太监马堂到任临清后，招纳当地亡命之徒数百人，打着朝廷旗号整日巡行街上，见富有者即没收产业之半，对小商小贩的斗粟尺布也要抢夺。结果，造成了“中家以上大率破，远近萧然罢市”的局面。以负贩为业的临清人王朝佐执杖到马堂衙门请见，引起“州民欢呼，荷担随以万数”。马堂不敢出面，命令随从放箭镇压，导致多人受伤。据时任山东巡抚尹应元报告，事变经过是这样的：
那天未时(下午)，有脚夫小民三四千人，聚众包围马堂衙门，声言：马监丞招募来的征税吏役，不遵守先前颁布的“杂粮十石以下及小生生意免税”的规定，在本州新、旧城，对背负米豆作小生意的人，也尽行抽税，以致贩卖通不进城，小民度日不前。人群齐声喊叫，衙门内突然冲出一些兵丁，手持弓箭、木棍，赶人射打，并捉拿了五六人，关进门内。这时外边高喊：里面杀死人了！于是，义愤之下，“(王)朝佐攘臂大呼，破户而入，纵火焚其衙署。”临清守备王炀见祸起萧墙，冒火救出马堂，马堂爪牙被打死三十余人。
事后，马堂却向皇帝密报，诬陷王炀煽动民变。万历皇帝接到奏报，不问是非曲直，下旨严惩所谓“恶首”，而真正的罪魁祸首马堂却逍遥法外。此时，黄克瓒正在山东布政使任上，直接负责处理此事。针对矿税太监的种种劣行，黄克瓒倍感深恶痛绝。他多次上疏弹劾，却都石沉大海。他坚持认为，临清民变的根源就在于马堂的横征暴敛。升任巡抚不久， 他就奋笔写下《参临清税监侵欺税银疏》，彻底揭露了马堂贪污银两、祸害百姓的累累罪行，并恳请停止矿税征收：“(马堂)以河道为名，委曹世臣、周昌辅、陈王道、薛杰、顾柄等拦抢货物……抽税七年，隐匿税银一百三十万两……臣愚以为国家之物当还国家，百姓之财当助百姓。”《闽中理学渊源考·襄惠黄钟梅先生克瓒》也记载此事：“(黄克瓒)升巡抚。时税矿病民，抗疏极论，并劾税监陈增、马堂不法事，严治其党。”
弹劾马堂后，为了请停矿税，与民休息，黄克瓒在巡抚任上又先后写了《请乞乘时停免税务疏》、《地方极灾乞停榷税疏》等上疏，他认为：“生财之道在杜其耗之之端，不在广其取之之途。”并尖锐地指出，矿监横行各地，已造成民心涣散，社会动荡，加上连年天灾，时局已到了一触即发的危险地步，“及今不罢，恐陈胜、吴广复起于秦，而黄巾、赤眉复起于汉也。”
万历三十年(1602年)二月，万历忽患危疾，急召首辅沈一贯入宫后殿。迫于压力，他决定停止开征矿税， 召回矿税太监。万历惨兮兮地说，设矿监征矿税，实在是不得已而为之。哪知，第二天万历皇帝又缓过来了，睁开眼睛第一件事就是叫太监赶紧把那个谕旨追回来。 司礼太监田义据理力争，劝他不要收回成命，气得万历拔出刀来就要杀他。(《明史·沈一贯传》)
消息传到济南，对万历出尔反尔的行为，黄克瓒表示出急切不安，于同年闰二月写了一篇《信诏令以广圣德疏》，义正词严地指斥皇帝言行不一：“臣抚东土，目击小民困于矿税，明有包纳之苦，暗有巧取之害，日夜思望停止，如大旱之望雨也……窃惟国保于民，民保于信，人民所以联络亿兆，唯此信之一字。若一事而二三其令，则民亦二三其心。霸主一失信， 尚不能宗长诸侯，况以天子而失信于民乎？”“伏望圣心幡然悔悟，将矿税仍行停止。”一个省级官员敢向皇上叫板，并要求皇上“幡然悔悟”，其勇气真乃可嘉可叹！万历三十二年十二月，万历终于作出妥协，宣布召回矿监。但这一弊政带来的恶劣影响却延续了整个万历时期。
从1601年开始，黄克瓒在山东巡抚任上一干就是12年，其德政受到一致好评。“当官不避难，立朝不树党，任事不顾私。”(杨景辰《数马集序》)黄克瓒这个门生对黄巡抚的评价可谓名至实归。
