马英九主持防台会议
芭玛台风受到米勒台风和东北季风的双重影响，路径变化捉摸不定，并滞留巴士海峡打转，在台湾的东北部造成超大豪雨。
由于有两个台风同时逼近台湾，加上莫拉克台风才刚在台湾造成50年来最惨重的灾情，惨痛的前车之鉴，让马英九政府这回可说是如临大敌，各部会首长全都绷紧神经，并划分责任区，分别进驻不同县市，进行防台大作战。
走为上策 全台超过六千人撤离
马英九在防台会议上宣示，面对台风应该要"料敌从宽，御敌从严"。他并亲自到台东劝说危险部落的民众撤离。马英九强调："人不与天斗，走为上策。"许多山区民众在中秋节紧急连夜撤离，目前总共撤离了6千6百多人，创下史上最高纪录。
近两个月前的八八水灾，从一场天灾演变成了马英九的政治风暴，各界对马政府救灾不力的批评导致前行政院长刘兆玄下台，而号称行动内阁的新任行政院长吴敦义更是不敢掉以轻心。
防台总动员 官员绷紧神经
吴敦义10月5号结束在立法院的质询之后突访气象局，在午休时间进行闪电视察，灾害应变中心也拉高层级，由行政院副院长朱立伦坐镇指挥。
朱立伦强调，这次芭玛台风来袭，研判灾区民众是否要撤离，不光靠气象局的预测，还要结合地方村里长以及警察局和消防队的灾情资讯，全体总动员，并在第一时间请求军方支援，贯彻撤离的命令。
出动三万多名军队 救灾视同作战
台东县防台协调会
朱立伦说："我们不怕一万、只怕万一，不容许有任何迟疑的空间，当发布必须撤离的红色警戒时，包括行政体系的村里长，包括警员，包括消防队员，甚至结合志工，再加上国军，实施快速的撤离。"
台湾国防部喊出"救灾视同作战"的口号，部署3万4千多名兵力，出动空中预警机以及装甲运兵车进驻高危险地区。其中第五作战区动员陆军特战部队等单位官兵协助嘉义阿里山的村民撤离，空军司令部特别在嘉义基地开设前进指挥所，陆军第八军团则针对台南、高雄及屏东县市，并参考历次淹水、土石流灾害发生地区，分别选定35个乡镇预置兵力与机具。
学者：马政府救灾危机意识提高
台湾成功大学政治系教授杨永年从1999年九二一大地震开始，对台湾的救灾体系有长达10年的研究。他在接受美国之音记者专访的时候指出，发生灾难的第一时间，最有效率的方法就是请求军队支援，而行政首长应该扮演的救灾角色，包括资讯的搜集与传输、动员、以及促进组织之间的合作。
杨永年教授认为，和应对八八水灾相比较，马英九政府这次的反应的确有进步。他说："如果从这次紧张的程度、危机意识来看，因为过去八八水灾的惨痛经验，这一次的确是进步蛮多的，部会首长都战战兢兢，百姓看在眼里，其实政府有注意到问题的严重性。"
W36动员令引争议 绿营批矫枉过正
这次台湾军队首次启动所谓的W36紧急动员令，也就是三军官兵停止休假，在台风登陆之前必须提早36小时返回营区待命，如果有状况，则必须要在10分钟之内出动。由于适逢中秋假期，这项紧急动员令引起了一些军方家属的不满与抱怨，民进党前立委郑运鹏也认为这有些矫枉过正。
郑运鹏表示："因为国军不是一般公司行号，他如果搬出这样的规格，以后可能就会比照办理，应该要做制度性讨论，看国军以后是不是要以救灾为优先，重新训练，重新定义，现在看来似乎还没有准备到这个地步。如果不做全盘的评估，下次千夫所指的可能就是国军。"
两岸体制不同 救灾动员力比一比
台湾独特的政治生态与媒体环境使马英九政府必须面对风灾政治学的严峻考验，也有许多人将马英九的救灾能力拿来与海峡对岸的领导人相比。
对此，成功大学政治系教授杨永年表示："两边的体制不一样，就动员力来说，我认为台湾比大陆动员快，中国大陆那边是从中央直接下令，我们看到媒体只有一个声音。而台湾的媒体有很多不同的声音，体制完全不一样。其实台湾动员速度快，原因其实也是在于台湾媒体比大陆的快很多，这就是民主制度最大的一个优点。"
杨永年教授认为，除了台湾媒体掌握的灾情资讯快速、监督政府的力量强大之外，台湾民间的救灾力量也是对岸望尘莫及的。
他说："因为我其实看过四川大地震的救灾现场，大概就是军人，其他的民间团体力道不太够，而台湾救灾的力量是全面的，救灾体系的动员，除了国军之外，还有民间团体。就我的了解，我去高雄的重灾区看，其实第一时间动员的都是民间团体，很多民间的力量和资源比军队还要快。"
专家：组织变革、教育扎根
而台湾究竟应该如何从根本上解决防救灾问题呢？
杨永年教授表示："最重要的，应该还是从加强社区的防救灾能力来着手，这是最根本的，这背后跟防灾教育是否扎根有关联性。如果政府体认到这样的问题，应该从根本着手。其实我认为有时候怪罪首长也不完全正确，因为整个灾害应变中心没有扮演好幕僚的角色，这也是一个值得重视的问题。"
专家建议，马英九政府应该思考将灾害应变中心从临时的任务编组改为常设性的组织，才能够发挥整合性的作用，因应每一次的突发灾害，把生命财产的损失减到最低。
