果然，翌日，日本政府宣布，在沖繩縣宮古列島周邊發現的潛艇，系中國海軍所屬的「漢」級核動力潛艇。同日，日外相町村信孝召見中國駐日公使程永華，對中國表示「強烈抗議」，要求中方道歉。13日，日本大報《讀賣新聞》發表了題為《中國核潛侵犯－－徹底追究「失態」的原因》的社評，文章開宗明義：「到底是中國海軍的潛艇。」言外之意，判明中國的「真身」，懷疑得到明證，一塊石頭落了地－－我說什麼來著？
對此事件，國內把處理的溫度始終控制在0度以下，防止其在中國社會呈液態蔓延。主流媒體在初期，試圖將讀者的注意引向第三國；隨著日本方面逐步公開調查結果，開始對中方「興師問罪」，併發表了中國政府人士對日方「道歉」的時候，便基本保持沉默了。只有17日前後出版的幾家小報，刊登了相關報導，但也基本上是譴責日本「惡意炒作」，呼籲「冷靜對待」的性質。倒是海外媒體，高度關注事態的發展，香港《信報》認為，「這是二戰以來中日兩國發生的最嚴重軍事衝突，意義深刻。」
中國領導人，如論是國家副主席曾慶紅、軍委副主席曹剛川，還是「外交口」負責人，大體上持政府間協商解決、不擴大事態的低調應對。在外交部例行新聞發布會上，面對日本多家媒體的輪番提問，外交部新聞發言人章啟月從頭到尾只有一句話，「中方已經通過外交途徑通報日本政府，事情已獲得妥善解決。」而與此同時，此前一直懸而未決（日方認為中方在 「拿架子」）的、甚至讓人擔心極有可能「變黃」的中日首腦智利APEC會晤一事，突然峰迴路轉：16日，武大偉副外長與阿南惟茂大使的會談上，首腦會談 「正式進入調整」，3天後，日程即被敲定。中日峰會，在中斷3年之後，以不無戲劇性的形式終於得以重開。
22日，在聖地亞哥，日本首相小泉就「中國核潛侵犯日本領海」事宜，對中國國家主席胡錦濤說：「特別重要的是，今後要防止類似問題的再次發生。」而胡主席答道：「從大局出發謀求解決」，並端出了靖國神社問題，迴避了對事件的正面表態。
中國核潛，偏偏在這個時候「探頭」日本領海，並被日方抓了個現行，在「栽面」的同時，也讓自己走下了首腦會談的台階；挑戰了「第一島鏈」上被認為是「針插不進」反潛網，卻很可能換來日本與美、臺共同協防的強化。是耶，非耶？得乎，失乎？
中國：一次揚眉吐氣之旅？
迄今為止，對於此次事件，中國所做出的惟一說明，是潛艇在例行調動時，因「技術原因」而「誤入」日本領海；所做的「道歉」，也僅限於「表示遺憾」而已。至少從表面上看，中方的態度可謂強硬。
這一方面是因為小泉執意參拜靖國神社，中日政治關係冷到徹骨，在中國社會中以對日民族主義為濃重底色的「民意」高燒不退的情況下，政府對日政策的迴旋空間極其有限，面對日方的抗議和指責，不可能做出更高調、積極的回應；另一方面，此次事件給人的印象，帶有明顯的意圖性、目的性，至少不像中方所解釋的那麼簡單，其背後，似乎有相當的戰略性背景。然而，這又不屬於向日方「道歉」的內容。換句話說，有些問題，雖然雙方都心知肚明，但卻是打死都不能向對方「交底」 的。
在網上，特別是一些民族主義傾向比較明顯的論壇上，此次行動被描繪成是一次揚眉吐氣之旅。一則題為《解放軍核潛艇航跡恰如其分地「畫出」領海－－簡評中國海軍震撼之行》的帖子這樣寫道：「……從日本方面公布的核潛艇的行進軌跡來看……核潛艇的航跡剛好把中國的釣魚群島以及臺灣島和日本固有列島劃開。該核潛艇如此的航跡決不是「技術故障」，而是精心策劃的震撼之行。此一充滿自信和不露聲色的行動是中國著眼於台海和東海的有所作為，是對台獨勢力以及日本右翼勢力的又一次實力警告。」
對於此次中方核潛「探頭」日本領海的根本目的，日本輿論普遍認為：探索、打通進出外洋的海上航道，以謀求在台海「有事」之際，牽制美國海軍及可能的日美聯合軍事行動。不久前成立的、旨在解決中日間對立不斷加深的、東海海洋資源開發等問題的「自民黨海洋權益特別委員會」委員長、自民黨參議員武見敬三，在接受共同社記者採訪時，就中國核潛活動的目的、能力問題指出：「無疑是海軍能力的強化。在東海，包括收集情報在內的訓練一直在進行。過去，是在日中中間線（中國迄今不承認所謂『日中中間線』，而堅持大陸架自然延伸論－－筆者注）附近海域，現在則從東海全域擴大到了太平洋。」
事實上，中國試水突破日美「反潛網」，此番行動並非頭一遭。去年11月，美募衛星發現一艘被認為是「很舊」的中國潛艇駛離基地。獲此情報的日本海上自衛隊出動兩架P-3C反潛巡邏機，在多處海域「撒網」，投下聲納探測器，卻不見中國潛艇的蹤啊?1月12日，中國潛艇突然在日本鹿兒島以東40公里的大隅海峽浮出水面，並打出了五星紅旗。日本輿論嘩然，「海自」（海上自衛隊，下同）連呼「上當」。但因潛艇是在外國軍艦可自由航行的「國際海峽」上被發現，並按國際慣例升起了國旗，所以日方雖然搓火，卻毫無辦法。
大陸海軍一方面為調查大陸架資源，一方面著眼於隨時會惡化的台海局勢，從90年代起，不懈地開拓著從日本沖繩和臺灣島之間出入太平洋的潛艇航道。能否突破臺灣、日本、菲律賓一線的「第一島鏈」，打通進出外洋的通道，對中國無疑具有戰略上的重要性。
台海「有事」時，如能在此海域短時間內配備若干艘攻擊型潛艇，並佈置足夠多的水雷，便可很大程度上遏止美國航母機動部隊的介入。1996年台海危機時，美募衛星發現數艘中國核動力潛艇全部離港，卻無法跟蹤，美軍不得不急令靠近台海的航母編隊後撤200海浬。同時，因東海海域水不深，受制於海底地形、海潮、水溫的影響，音訊探知相當困難，也使美軍對中國潛艇較為「過敏」。一位日本防衛廳官員說：「在哪怕只有一艘未探知的潛艇可能存在的海域，雖說是美國的航母，也會因危險而選擇不進入。」潛艇的遏制力之大可想而知。
這大概是中國不惜冒「主權侵犯」之大不韙再次試水的主要原因。但凡事有「利」亦有弊。此次事件，使日本再次意識到其海上安保體制的漏洞，舉國上下都在討論危機管理、海上警備體制強化的問題，可以想像，「亡羊補牢」之策會很快出臺。譬如，此次發現並鎖定「漢」級核潛的P-3C反潛巡邏機，冷戰時，出於防範蘇聯潛艇的需要，「海自」曾保有百餘架。而據今年底出臺的防衛大綱，已被削減為 72架。但是，此次事件極有可能成為該計畫被「重新調整」的契機。
據共同社披露，即將於年內出臺的日本2004年版《防衛計畫大綱》，把南沙群島領土問題、中國兩岸關係及朝鮮半島統一等問題定位為「日本的安保環境」，首次提及在臺灣海峽和南海爆發軍事衝突的可能性，表明瞭對中國的警惕；11 月19日，此次核潛事件中日方最高軍事責任人、防衛廳長官大野功統在華府與美國防部長拉姆斯菲爾德舉行了會談，雙方確認有必要在新的形勢下對「日美安保」 進行「重新定義」，並暗示有可能放寬日本《武器出口三原則》……這些動向令人擔憂：核潛事件會不會成為新一輪「中國威脅論」的口實？
日本：手裡多了一個砝碼
儘管日本政府無論如何也難相信中國核潛「探頭」日本領海，是出於一個「低級錯誤」，但基於某種戰略考慮，還是暫時接受了中方的「遺憾」表示，並將其「擴大解釋」（共同社錚┪
